杭州联川基因诊断技术有限公司毛维康获国家专利权
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龙图腾网获悉杭州联川基因诊断技术有限公司申请的专利增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法、设备和介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117995282B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-06发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410222359.7,技术领域涉及:G16B40/30;该发明授权增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法、设备和介质是由毛维康;郎秋蕾;陈志锋设计研发完成,并于2023-06-19向国家知识产权局提交的专利申请。
本增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法、设备和介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法、设备和介质,属于数据处理技术领域。所述方法首先对细胞‑基因表达谱矩阵进行主成分分析,获得能够表明细胞区别的特征基因,基于特征基因计算细胞距离,再根据细胞距离获得细胞相似性,进一步基于细胞相似性得到马尔可夫转移概率,并对细胞‑基因表达谱矩阵进行多重插补。本发明的方法能够消除细胞‑基因表达谱矩阵中的表达量噪声并填补缺失的表达量,最终能够有效增强基因表达相互作用,进一步可以提高细胞的聚类效果,有效进行细胞分型。
本发明授权增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法、设备和介质在权利要求书中公布了:1.一种增强单细胞RNA测序数据中基因表达相互作用的方法,其特征在于,包括以下步骤:S1,获得单细胞转录组测序数据的细胞-基因表达谱矩阵A,并对所述细胞-基因表达谱矩阵A根据文库大小进行归一化;S2,基于所述细胞-基因表达谱矩阵A,利用主成分分析方法筛选N个主成分,其中N=30,得到PCA矩阵;S3,基于所述N个主成分的值计算任意两个细胞之间的距离,得到细胞距离矩阵D;S4,基于所述细胞距离矩阵D利用核函数计算任意两个细胞之间的相似性,得到细胞相似性矩阵C;S5,基于细胞相似性矩阵C,根据以下算法,计算任意两个细胞之间的转移概率,得到细胞转移概率矩阵:所述两个细胞包括第一细胞和第二细胞,所述第一细胞与所述第二细胞的转移概率为所述第一细胞和所述第二细胞的相似性与第一细胞与所有细胞的相似性的总和的比值,得到细胞转移概率矩阵后,进一步进行如下处理:(1)对于同一区域中任意细胞,确定与该两个细胞距离之和最小的15个细胞作为该两个细胞的邻居细胞,若不足15个,则全部其余细胞为邻居细胞;(2)对于每个细胞,将其与非邻居细胞的细胞转移概率设置为0;S6,基于所述细胞转移概率矩阵,根据以下算法,对所述细胞-基因表达谱矩阵A进行插补:将第个细胞第个基因的表达量转换为其余各个细胞的第个基因的表达量与所述第个细胞与相应细胞的转移概率的乘积的总和,其中,=1~且=1~,代表所述细胞-基因表达谱矩阵A中细胞数目,=1~,代表所述细胞-基因表达谱矩阵A中基因数目,通过对转移概率矩阵求幂,对所述细胞-基因表达谱矩阵A进行多重插补: 其中,代表第次插补后的细胞-基因表达谱矩阵;代表迭代次数,从1开始并逐次加1进行多重插补;当进行第次插补时,对于每个细胞的每个基因,转换所采用的表达量均为所述细胞-基因表达谱矩阵A中各基因的表达量,利用以下方式确定迭代次数:进行第次插补后,若第个细胞第个基因的表达量低于0.001,则将该基因的表达量赋值为0,再计算中第个细胞第个基因的相对表达量: 再计算第个细胞插补后的平均基因表达量: 再基于第次插补后和插补后的全部基因相对表达量的残差平方和与插补后的全部基因相对表达量的离差平方和,计算细胞的决定系数,公式如下: 若所有细胞的决定系数均小于预设阈值P1,则停止迭代,得到多重插补后的细胞-基因表达谱矩阵,其中,=1~,P1=3%~10%。
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