天津极智基因科技有限公司焦成智获国家专利权
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龙图腾网获悉天津极智基因科技有限公司申请的专利一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119252321B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411300517.2,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用是由焦成智;杨思学;周川清设计研发完成,并于2024-09-18向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用在说明书摘要公布了:本发明属于基因育种技术领域,公开了一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用。该方法获取得到基础SNP标记;基于收集到的表型进行GWAS分析,并对和表型相关联的标记进行优势基因型的鉴定,构建功能位点优势基因型库;计算功能位点对表型的贡献度PVE进行分析,同时计算每一个材料或群体的连锁区域Block,构建材料PVE分值库和Block库;基于优势基因型、功能位点的PVE、材料群体的连锁区域Block进行两两材料间的匹配组合,获取每个材料的最佳组合亲本。本发明可实现更多有利基因型聚合的状态。
本发明授权一种快速匹配育种改良亲本组合物、获取方法及应用在权利要求书中公布了:1.一种快速匹配育种改良亲本组合物的获取方法,其特征在于,该方法具体包括以下步骤:S1,获取得到基础SNP标记;S2,基于收集的表型和获取的基础SNP标记进行GWAS分析,并对和表型相关联的标记进行优势基因型的鉴定,构建功能位点优势基因型库;S3,计算功能位点对表型的贡献度PVE,计算每一个材料或群体的连锁区域Block,构建材料PVE分值库和Block库;S4,基于优势基因型、功能位点的贡献度PVE、材料或群体的连锁区域Block进行两两材料间的匹配组合,获取每个材料的最佳组合亲本;在步骤S4中,基于优势基因型、功能位点的贡献度PVE、材料或群体的连锁区域Block进行两两材料间的匹配组合,包括:根据构建的优势等位基因型库、PVE分值库、Block库;使用Pythonnumpy第三方库,进行向量化计算,获取目标样本功能位点分值矩阵与内建库所有样本两两比对后得到的最佳组合亲本;获取每个材料的最佳组合亲本,包括:S401,评价分值体系,功能位点分值与对应位置的PVE值相乘作为位点对表型影响最终效应值;S402,位点重组逻辑,选取出分值大的作为子代对应位置的分值;S403,评价最佳组合亲本,将每个组合得到的子代最佳的分值和作为该组合最终的评分,在执行对库内所有样本两两组合计算后,获取评分高的组合作为育种的最佳亲本组合,进行后续的实验育种;在步骤S402中,位点重组逻辑,选取出分值大的作为子代对应位置的分值,包括:对于两两比对的样本,对每一段区域进行遍历,若该区域相互不为连锁,则判断该两组组合得到子代的分值为分值大的那个分值;若该区域两个样本均连锁,且连锁长度一致,则判断连锁区域内位点分值总和大的一方作为子代在所述连锁区域的分值;若一方连锁,另一方不连锁或连锁区域不一致,则根据交叉片段情况,打破连锁,以交叉部分最小片段为单位进行两个样本连锁区域的打破,打破后分别计算拆分后各个子区域的分值总和,选取分值大的一方作为子代对应位置的分值。
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