恭喜中国医科大学附属第一医院康明明获国家专利权
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龙图腾网恭喜中国医科大学附属第一医院申请的专利一种HIV分子传播网络可视化展示系统和方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114220502B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-24发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202111501720.2,技术领域涉及:G16C20/80;该发明授权一种HIV分子传播网络可视化展示系统和方法是由康明明;赵彬;韩晓旭;尚红设计研发完成,并于2021-12-09向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种HIV分子传播网络可视化展示系统和方法在说明书摘要公布了:本发明涉及一种HIV分子传播网络可视化展示系统和方法,包括:用户输入模块,用于输入待测HIV序列及阈值参数;容器模块,用于存储参考HIV序列、待测HIV序列和用于HIV分子传播网络的生成子模块;计算集群模块,通过调用容器模块中子模块,获得参考HIV序列和待测HIV序列的最佳遗传距离阈值,并根据最佳遗传距离阈值建立最优HIV分子传播网络;分子传播网络分析模块,用于对最优HIV分子传播网络的属性信息进行分析;分子传播网络展示模块,用于对HIV分子传播网络的分析结果进行可视化展示,并输出HIV分子传播网络的矢量图。其能对HIV分子传播网络进行直观的显示,显示结果简单,方便非计算机专业人士使用。
本发明授权一种HIV分子传播网络可视化展示系统和方法在权利要求书中公布了:1.一种HIV分子传播网络可视化展示系统,其特征在于,包括:用户输入模块、容器模块、计算集群模块、分子传播网络分析模块和分子传播网络展示模块, 所述用户输入模块,用于输入待测HIV序列及阈值参数; 所述容器模块,用于存储参考HIV序列、待测HIV序列和用于HIV分子传播网络的生成子模块; 所述计算集群模块,通过调用所述容器模块中所述子模块,获得参考HIV序列和待测HIV序列的最佳遗传距离阈值,并根据最佳遗传距离阈值建立最优HIV分子传播网络; 所述分子传播网络分析模块,用于对所述最优HIV分子传播网络的属性信息进行分析; 所述分子传播网络展示模块,用于对HIV分子传播网络的分析结果进行可视化展示,并输出所述HIV分子传播网络的矢量图; 所述容器模块包括网页服务器、套接字客户端和子模块,所述网页服务器用于从所述用户输入模块提取输入待测HIV序列及阈值参数,并将其传输至所述套接字客户端,所述套接字客户端用于连接所述计算集群模块,所述计算集群模块调取所述子模块用于进行HIV分子传播网络计算; 所述容器模块的子模块,包括:最佳遗传距离阈值子模块和HIV分子传播网络子模块,所述最佳遗传距离阈值子模块,用于根据HIV基因序列计算每两个HIV基因样本间的遗传距离,得到最佳遗传距离阈值;所述HIV分子传播网络子模块,用于根据所述最佳遗传距离阈值建立最优HIV分子传播网络; 所述最佳遗传距离阈值的确定方法为:将待测序列与参考序列对齐,评估待测序列的相对位置是否一致,通过TN93模型计算待测序列数据集中任意序列间的遗传距离,并计算预定遗传距离阈值范围内,各遗传距离阈值生成传播簇的数目,所述传播簇的数目最大时对应的遗传距离阈值为最佳遗传距离阈值; 所述HIV分子传播网络的建立方法为:将序列间的遗传距离小于最佳遗传距离阈值的个体连接成传播网络,传播网络的顶点代表来自不同感染者的序列,连接两个顶点的边代表两个序列的遗传距离; 所述计算集群模块包括套接字服务端、宿主机和计算子模块,所述套接字服务端连接套接字客户端,所述套接字服务端将所述容器模块的数据调入所述宿主机,所述宿主机连接计算子模块,用于对所述计算子模块中作业进展进行控制,所述计算子模块用于调取所述容器模块的子模块; 所述宿主机中作业控制方法为:套接字服务端将待处理作业传输至宿主机,宿主机指定计算子模块中的一个或多个计算节点完成待处理作业,同时所述宿主机根据待处理作业内容确定需要调用的所述容器模块的子模块,并向指定的计算节点发送调用命令,所述计算节点根据调用命令在所述容器模块中调用对应的子模块,所述计算节点将作业处理状况实时反馈至所述宿主机,所述宿主机根据反馈的内容对计算节点和调用的所述容器模块的子模块进行调整; 若需要对所述作业处理状况进行显示,则将所述作业处理状况传送至所述套接字服务端,所述套接字服务端将所述作业处理状况传输至套接字客户端,所述套接字客户端连接作业查询页面,所述作业处理状况在所述作业查询页面中显示; 所述分子传播网络分析模块对所述HIV分子传播网络进行分析,根据各个顶点之间的是否连接将所述HIV分子传播网络分成若干分子簇,使得每个分子簇内任意两个顶点之间至少有一条通路互相连接,对于处于不同分子簇的任意两个顶点,不存在任何通路;通过neighbors算法获取各个顶点的相邻顶点,并保存所有相邻顶点的名称和相邻顶点总数,遍历所有的顶点,生成与各顶点对应的数据文件。
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