厦门大学李森森获国家专利权
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龙图腾网获悉厦门大学申请的专利一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115881222B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211036695.X,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法是由李森森;吴灵赟;陈鹭剑;胡学佳;张惠敏;杨朝勇设计研发完成,并于2022-08-26向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法,包括:得到整数序列集;构建概率数据库,构建概率索引数据库;进入迭代过程,扩增结点中的序列,更新扩增后结点的匹配位置,更新迭代结点集;计算迭代结点集中所有结点的指导值;从迭代结点集中,选出主导结点集,根据主导结点集进行分枝修剪;清空候选结点集,按指导值从大到小从迭代结点集中选取指定个数个候选结点,添加入候选结点集;从迭代结点集中随机选选取指定个数个候选结点,添加入候选结点集中;对扩增完成的整数序列进行检验,若为序列集编码后的整数序列集的公共超序列,则按编码规则进行译码,得到一串字符串。它能有效提高原位DNA微阵列合成系统的效率。
本发明授权一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法在权利要求书中公布了:1.一种原位DNA微阵列合成系统的合成序列计算方法,其特征在于:包括: S1,获取携带有序列集信息的序列文件的路径,遍历序列文件中每个字符元素,将字符元素编码成整数元素,得到整数序列集; S2,构建概率数据库,构建概率索引数据库;所述S2包括: S2.1,构建概率数据库; 概率数据库内存储了序列y成为序列r的超序列的概率,概率计算公式如下: 其中:Prr<y表示序列y成为序列r的超序列的概率;q为序列r的长度;k为序列y的长度;|∑|为序列文件所有字符的种类数;r[2…q]表示从第二个字符开始,到最后一个字符结束,取出的序列r的子序列; S2.2,构建概率索引数据库; 构建概率索引数据库,索引值与最大匹配位置的映射关系如下所示: target=intmaxR*ln|∑|ln2 其中:maxR为迭代结点集中所有结点匹配位置的最大值;构建数据库时,maxR=1,2…,m,m为序列集最长序列的长度;target为索引概率数据库的第二维索引,即序列y的长度; S3,进入迭代过程,扩增结点中的序列,更新扩增后结点的匹配位置,更新迭代结点集;它包括:S3.1,对候选结点集中每个结点的序列进行扩增,分别添加整数0,1,…,|∑|-1共|∑|种整数;S3.2,将扩增后的序列与整数序列集中每个序列一一比对,判断匹配位置是否为DNA系列的长度,如是则终止迭代并执行S8,否则执行S3.3;S3.3,判断该扩增结点是否为有用结点,若为有用结点,添加入迭代结点集中,否则舍弃该结点; S4,计算迭代结点集中所有结点的指导值; S5,从迭代结点集中,选出主导结点集,根据主导结点集进行分枝修剪; S6,清空候选结点集,按指导值从大到小从迭代结点集中选取指定个数个候选结点,添加入候选结点集; S7,从迭代结点集中随机选取指定个数个候选结点,添加入候选结点集中,然后执行S3; S8,对扩增完成的整数序列进行检验,若为序列集编码后的整数序列集的公共超序列,则按编码规则进行译码,得到一串字符串。
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