南开大学刘健获国家专利权
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龙图腾网获悉南开大学申请的专利跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115206439B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210550264.9,技术领域涉及:G16B50/30;该发明授权跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统是由刘健;阮志涵;陈娇设计研发完成,并于2022-05-20向国家知识产权局提交的专利申请。
本跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统,对第一语言平台的空间转录组数据、单细胞转录组参考数据或空间转录组分析工具产生的中间结果,采用映射文件进行读取和存储;在第二语言平台上,读取存储的结果,继续运行;其中,所述采用映射文件进行读取和存储;具体包括:初始化映射文件;当第一语言平台为R语言平台;则在R语言平台上,实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作;当第一语言平台为Python语言平台;则在Python平台上,实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作。减少存储空间的消耗,和提供兼容现有数据结构的读写策略,让工作流的构建更加简单,从而发挥不同平台上分析工具的优势。
本发明授权跨语言平台的空间转录组数据转换方法及系统在权利要求书中公布了:1.跨语言平台的空间转录组数据转换方法,其特征是,包括: 对第一语言平台的空间转录组数据、单细胞转录组参考数据或空间转录组分析工具产生的中间结果,采用映射文件进行读取和存储;所述映射文件的基本结构,分别由两个类组成:空间影像类和表达矩阵类; 其中,空间影像类,用于存储空间信息; 表达矩阵类,用于存储表达矩阵以及空间转录组分析工具产生的中间结果; 在第二语言平台上,读取存储的结果,继续运行; 其中,所述采用映射文件进行读取和存储;具体包括:初始化映射文件; 当第一语言平台为R语言平台;则在R语言平台上,实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作;所述在R语言平台上,实现映射文件与R语言中数据结构的相互转换操作,具体包括: 利用“rhdf5”包导入映射文件中的数据;导入映射文件中的数据,具体为: S1,利用rhdf5::h5read函数,将映射文件导入R语言环境中; S2,读取映射文件中sptmatrix实例的按列存储稀疏矩阵,包括数据、索引、指针、维度;最后利用R语言中的Matrix::sparseMatrix函数生成空间表达矩阵或单细胞表达矩阵; S3,读取映射文件中sptmatrix实例的条码项,包括条码、标注、细胞类型信息,以及sptmatrix实例的特征项,包括基因名称、基因编号、是否为标记基因信息; S4,读取映射文件中sptimages实例的组织学影像信息,包括各种分辨率下的组织学影像、条码的空间坐标和比例缩放因子; 当第一语言平台为Python语言平台;则在Python平台上,实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作;在Python平台上,实现映射文件与Python中数据结构的相互转换操作,具体为: 利用“h5py”库导入映射文件中的数据; S11,利用h5py.File函数,将映射文件导入Python语言环境中; S12,读取映射文件中sptmatrix实例的按列存储稀疏矩阵,包括数据、索引、指针、维度;最后利用Python语言中的scipy.csc_matrix函数生成空间表达矩阵或单细胞表达矩阵; S13,读取映射文件中sptmatrix实例的条码项,包括条码、标注、细胞类型信息,以及映射文件中sptmatrix实例的特征项,包括基因名称、基因编号、是否为标记基因信息; S14,读取映射文件中sptimages实例的组织学影像信息,包括各种分辨率下的组织学影像、条码的空间坐标和比例缩放因子。
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