重庆邮电大学袁帅获国家专利权
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龙图腾网获悉重庆邮电大学申请的专利一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117012272B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-25发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310280890.5,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法是由袁帅;刘虹涛;周双艳;田自辉;解增言设计研发完成,并于2023-03-21向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法。首先获取S蛋白不同状态下与抗体结合和未与抗体结合的结构,构建蛋白质溶剂化模型;其次,进行能量最小化、预平衡和分子动力学模拟,得到各体系的模拟轨迹;之后进行动态网络分析,并将各结构域视作刚体,以其质心之间的连线计算二面角的角度,得到宏观的结构域变化趋势;再进行残基自由能分解,获取抗原抗体结合中贡献更大的残基,其更有可能在结合过程中引发更深层次的调控作用;最后对模拟轨迹的变化特征进行时滞性独立分量分析,对每个残基对轨迹的变化贡献进行了打分,得出该残基对于轨迹变化调控作用,为新冠病毒S蛋白的治疗靶点提供了新思路。
本发明授权一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于计算机模拟获取远端残基对新冠病毒S蛋白受体结合域变构调控的方法,其特征在于,包括: 获取S蛋白不同状态下与抗体结合和未与抗体结合的结构; 将获取的结构分别构建成溶剂化模型; 对构建的溶剂化模型进行能量最小化、预平衡模拟和分子动力学模拟,获得溶剂化模型的结构模拟轨迹;对模拟轨迹稳定后的结构进行聚类,得到代表构象; 对获得的结构模拟轨迹和代表构象进行动态网络分析和二面角计算,得出结合抗体后结构域的变化趋势,获得蛋白质整体结构的变化特征; 基于蛋白质整体结构的变化特征,对抗原抗体结合界面进行结合自由能计算,并进行残基自由能分解,寻找抗原抗体结合中的关键作用位点以及潜在的对蛋白质结构的调控机制; 对蛋白质整体结构的变化特征进行tICA时滞性独立分量分析,描述对RBD的整体运动贡献大的关键残基,以此研究残基的调控机制。
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