之江实验室;上海人工智能创新中心熊曦妍获国家专利权
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龙图腾网获悉之江实验室;上海人工智能创新中心申请的专利基于生成式模型的抗菌肽生成方法、装置及计算机设备获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119361020B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-05发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411908673.7,技术领域涉及:G16C20/50;该发明授权基于生成式模型的抗菌肽生成方法、装置及计算机设备是由熊曦妍;林峰;马萧;黄行许;金舒文;曾梓菡设计研发完成,并于2024-12-24向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于生成式模型的抗菌肽生成方法、装置及计算机设备在说明书摘要公布了:本申请涉及一种基于生成式模型的抗菌肽生成方法、装置及计算机设备,涉及人工智能、生物信息学技术领域,通过获取现有的抗菌肽序列的集合;利用预训练的生成式模型,在现有的抗菌肽序列的基础上预测新型抗菌肽,得到预测序列;将所述预测序列输入预训练的抗菌肽分类器,判断所述预测序列是否具有抗菌活性;所述抗菌肽分类器基于抗菌肽标签集和非抗菌肽序标签集训练得到;将具有抗菌活性的所述预测序列作为最终的目标抗菌肽序列进行输出,解决了抗菌肽设计生成效率低的问题,能够借助生成式模型和分类器,实现对抗菌肽的从头生成和判定,提高了生成效率和准确性。
本发明授权基于生成式模型的抗菌肽生成方法、装置及计算机设备在权利要求书中公布了:1.一种基于生成式模型的抗菌肽生成方法,其特征在于,所述方法包括: 基于抗菌肽的公共数据库,获取现有的抗菌肽序列的集合; 利用预训练的生成式模型,在所述现有的抗菌肽序列的基础上预测新型抗菌肽,得到预测序列; 将所述预测序列输入预训练的抗菌肽分类器,判断所述预测序列是否具有抗菌活性;所述抗菌肽分类器基于抗菌肽标签集和非抗菌肽序标签集训练得到; 将具有抗菌活性的所述预测序列作为最终的目标抗菌肽序列进行输出; 其中,利用预训练的生成式模型,在所述现有的抗菌肽序列的基础上预测新型抗菌肽,得到预测序列,包括: 基于多序列比对技术,对所述现有的抗菌肽序列的集合进行扩展,得到抗菌肽多序列比对数据集; 将所述抗菌肽多序列比对数据集输入预训练的生成式模型,基于任意解码顺序生成预测序列; 其中,所述预训练的生成式模型采用顺序不可知自回归扩散模型,所述顺序不可知自回归扩散模型以生成序列的对数似然作为损失函数进行训练,所述生成序列的对数似然表示为所有可能解码顺序的期望;在训练时,所述顺序不可知自回归扩散模型通过交替轴向注意力机制处理多序列比对矩阵,并结合绑定行注意力机制共享序列间结构。
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