未来智人再生医学研究院(广州)有限公司;王淋立王淋立获国家专利权
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龙图腾网获悉未来智人再生医学研究院(广州)有限公司;王淋立申请的专利一种评估多能干细胞质量的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN113658636B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-05发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202110830156.2,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权一种评估多能干细胞质量的方法是由王淋立;卢宇鹏;陈月花;李强;杨建国;李乾坤设计研发完成,并于2021-07-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种评估多能干细胞质量的方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种评估多能干细胞质量的方法,所述方法包括以下步骤:对待测细胞进行序列测定,得到转录组表达谱系数据和全基因组序列数据;基于转录组表达谱系数据,进行基因的表达量的统计,得到细胞的质量分数1;基于全基因组测序数据,进行全基因组的DNA变异分析;根据所得的细胞的质量分数和全基因组的DNA变异分析结果,得到细胞质量分数2,来评价多能干细胞细胞质量。本发明方法通过综合多方面来评估细胞质量,且本发明采用测序的手段减少了大量实验流程,仅从转录组测序和全基因组测序的层面评估多能干细胞的质量,快速缩短了时间,得到的数据结果通过统计处理可靠准确。
本发明授权一种评估多能干细胞质量的方法在权利要求书中公布了:1.一种评估多能干细胞质量的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: S1、对待测细胞进行序列测定,得到转录组表达谱系数据和全基因组序列数据; S2、基于待测细胞的转录组表达谱系数据,进行基因的表达量统计,将基因的表达量统计结果分别进行多能性的分析、奇异性的分析以及细胞表征值的分析,之后整合细胞多能性的分析、奇异性的分析以及细胞表征值的分析的结果,得到细胞的质量分数1; 整合所述细胞多能性的分析、奇异性的分析以及细胞表征值的分析的结果采用以下公式: --式一; -式二; -----------式三; 其中,公式一中F i是细胞质量评价方面的分数,为评价多能性的分数,X i是指某一细胞在质量评价下计算得到的值,即所述多能性的分析的结果,X max是该细胞质量评价设计的最大的阈值,具体为94.21,X min是该细胞评价设计的最小的阈值,具体为23.344,q代表细胞质量评价方面的个数,具体为3;公式二中F i是细胞质量评价方面,为奇异性和细胞表征值中的一种的评价分数,当X i是指某一细胞在质量评价下计算得到的值,即所述奇异性的分析的结果时,X max是该细胞质量评价设计的最大的阈值,具体为1.17,X min是该细胞评价设计的最小的阈值,具体为0.46;当X i是指某一细胞在质量评价下计算得到的值,即所述细胞表征值的分析的结果时,X max是该细胞质量评价设计的最大的阈值,具体为1,X min是该细胞评价设计的最小的阈值,具体为0,q代表细胞质量评价方面的个数3;公式三中C代表细胞质量分数1; 所述多能性的分析的结果的分析包括以下步骤:使用R统计语言对多能干细胞和非多能干细胞转录组中的rawcount数据进行数据转化,转化方法采用TDM软件,该方法的目的是为了整合不同平台的样本数据,把转化后的rawcount数据变成与微阵列芯片一致的数据,采用lumiv2.42.0软件对全部数据进行批次纠正,运用NMF软件对获得的数据矩阵进行NMF非负矩阵分解后通过逻辑回归的机器学习模型提取其中的多能性细胞和非多能性细胞数据的特征值,依据训练集和验证集的准确性调整参数,确定分类模型的公式并计算未知细胞的多能性评分X i; 所述奇异性的分析包括以下步骤:使用R统计语言对胚胎干细胞转录组中得到的rawcount数据进行数据转化,转化方法采用TDM软件,把转化后的rawcount数据变成与微阵列芯片一致的数据,该方法的目的是为了整合不同平台的样本数据,采用lumiv2.42.0软件对全部数据进行批次纠正,运用NMF软件对获得的数据矩阵进行NMF非负矩阵分解后,通过比较分解后的未知样本和胚胎干细胞样本V矩阵的残差和均方根误差RMSE计算单个得分,作为奇异性评分X i; 所述细胞表征值的获得包括从转录组表达谱系数据中获取相关细胞遗传稳定基因和细胞功能基因的表达量,使用R统计语言计算与胚胎干细胞样本的基线偏离值; 同时,基于待测细胞的全基因组序列数据进行全基因组的DNA变异分析,得到遗传变异评分;所述全基因组的DNA变异分析包括点突变分析、插入缺失分析、拷贝数变异分析和大片段染色体变异分析; 所述全基因组的DNA变异分析的结果采用以下公式进行计算: --------式四; ------------式五; 其中,公式四中F i是细胞变异评价方面的分数,X i某一个变异因素下的变异的数目,X max为每个变异的因素的最大值,X min是每个变异的因素的最小值,公式五中v代表遗传变异评分;所述变异因素包括突变总数、遗传疾病数目、可能有害变异数目和良性变异数目; S3、根据步骤S2所得的细胞的质量分数1和全基因组的DNA变异分析得到的遗传变异评分取平均值后,得到细胞质量分数2,来评价多能干细胞的细胞质量。
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