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上海百英生物科技股份有限公司;江苏百英生物科技有限公司徐延镇获国家专利权

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龙图腾网获悉上海百英生物科技股份有限公司;江苏百英生物科技有限公司申请的专利一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120148648B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-08发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510592704.0,技术领域涉及:G16B40/10;该发明授权一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用是由徐延镇;包黎明;卢海松;杨宇星;常留平;项鲁设计研发完成,并于2025-05-09向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用,所述方法包括:(1)设计带条形码的载体引物,对质粒目标片段进行PCR扩增,将不同质粒插入片段的PCR扩增产物混合至一管,对混合DNA统一建库和上机测序,根据测序样品数及质粒大小收获对应数据量的原始下机数据;(2)基于高通量测序的序列纠偏筛选系统,对原始测序数据实施数据质控,建立测序序列与模板序列的多对一比对方程,通过位置特异性碱基频率统计推导保守碱基,经序列重组获得一致性碱基序列;(3)开发克隆筛选决策模型,通过一致性序列与模板序列的比对度阈值设定,对克隆进行判定,实现克隆的自动化分级筛选。

本发明授权一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种基于高通量测序的序列纠偏筛选系统,其特征在于,所述系统包括: 数据预处理模块:用于对原始测序数据进行质量控制和过滤,剔除低质量DNA序列; 条形码匹配模块:(A)对于不含连接序列的DNA序列,首先进行多模式字符串匹配;再对匹配结果进行BLAST验证;所述多模式字符串匹配基于Aho-Corasick匹配算法进行匹配;所述Aho-Corasick匹配算法通过barcode_match_ac函数实现;所述barcode_match_ac函数的流程为:(1)待匹配的条形码库构建;(2)下机序列构建待搜索库;(3)对逐个条形码进行匹配;(4)每个条形码匹配到的结果进行储存; 所述BLAST验证通过barcode_match_blast函数实现;所述barcode_match_blast函数的流程为:(1)待匹配的条形码库构建;(2)下机序列构建待搜索库;(3)对逐个条形码进行匹配,参数为:词长word_size=16,有效匹配分数e_value=10,最小相似度perc_identity=1.0;(4)每个条形码匹配到的结果进行储存; (B)对于含连接序列的DNA序列,首先通过split_sequence_by_linker函数识别DNA序列中的连接序列位置;再将DNA序列按连接序列位置分割成多个片段,每个片段代表一个功能区域;所述split_sequence_by_linker函数采用了字符串搜索算法,实现定位多个连接序列;所述split_sequence_by_linker函数包括以下步骤:(1)根据提供的连接子准确定位分割位置;(2)整个模板样本将根据连接子数量n被分割为n+1段较短的子序列,(3)得到的子片段用于下一步的匹配; 序列比对分析模块:将条形码匹配模块处理后的DNA序列与参考序列进行BLAST比对;提取比对信息,所述比对信息包括:比对位置和相似度;基于比对信息,计算每个位置的碱基频率,将每个位置的保守碱基合并,生成一致性序列。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人上海百英生物科技股份有限公司;江苏百英生物科技有限公司,其通讯地址为:201318 上海市浦东新区周浦镇沈梅路99弄1-9号1幢101、106、201、301、401室;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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