青岛奔月生物技术有限公司;山东奔月生物科技股份有限公司丁博青获国家专利权
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龙图腾网获悉青岛奔月生物技术有限公司;山东奔月生物科技股份有限公司申请的专利氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119943141B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-08发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411875795.0,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法及其应用是由丁博青;陈良;高升;熊鹏设计研发完成,并于2024-12-19向国家知识产权局提交的专利申请。
本氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明涉及酶活性预测技术领域,具体涉及一种氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法及其应用。本发明包括如下步骤:选定氨基酸特征并构建QSAR字典,确定特征值及权重并计算氨基酸贡献得分,计算突变体与野生型偏移度量并反映局部影响,引入蛋白质RMSD作为全局特征,设定酶活性二分类目标并构建MutShift预测模型,解决数据不平衡问题并优化模型性能,引入QSAR字典和蛋白质RMSD全局特征并训练MutShift模型。本发明通过构建QSAR字典和优化氨基酸残基特征集合,结合突变体与野生型的局部和全局结构影响评估,实现对糖苷酶突变的准确预测,提高酶活性预测模型的精度。
本发明授权氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种氨基酸和RMSD特征提升糖苷酶突变预测方法,其特征在于,包括如下步骤: S1、选定氨基酸特征并构建QSAR字典: S11、收集并整理氨基酸的物理化学特性数据,包括极性、疏水性、酸碱性、分子量、体积、芳香性、供体和受体特征; S12、根据数据为每个氨基酸分配特征值,构建QSAR字典; S2、确定特征值及权重并计算氨基酸贡献得分: S21、确定酶中氨基酸数量和每个氨基酸特征数量; S22、从QSAR字典中获取特征值; S23、通过实验数据或模型训练确定特征权重; S24、计算氨基酸贡献得分; S3、计算突变体与野生型偏移度量并反映局部影响: S31、分别计算突变体和野生型酶的氨基酸贡献得分; S32、计算每个氨基酸残基上的偏移度量; S4、引入蛋白质RMSD作为全局特征: S41、确定野生型和突变型酶的α-碳原子坐标; S42、对比突变体与野生型两个结构之间的差异,计算RMSD; S5、设定酶活性二分类目标并构建MutShift预测模型: S51、收集糖苷转移酶的酶活数据,包括突变体和野生型的酶活性值; S52、根据酶活性值变化方向,设定二分类目标; S53、利用学习算法并构建MutShift预测模型; S6、解决数据不平衡问题并优化模型性能: S61、分析酶活性数据,确定正类和负类样本数量; S62、使用过采样技术增加正类样本数量,平衡两类样本; S63、对平衡后的数据进行模型训练,评估模型性能; S7、引入QSAR字典和蛋白质RMSD全局特征并训练MutShift模型: S71、将QSAR字典特征作为输入特征,引入MutShift预测模型; S72、使用训练数据集训练模型,使用验证数据集评估模型性能; S73、根据评估结果调整模型参数,优化模型性能; S74、使用优化后的模型进行酶活性预测,验证预测结果的准确性。
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