浙江大学褚琴洁获国家专利权
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龙图腾网获悉浙江大学申请的专利一种植物属内泛转录组的构建方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120356516B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510822132.0,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种植物属内泛转录组的构建方法及其应用是由褚琴洁;胡煜蓉;陈露设计研发完成,并于2025-06-19向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种植物属内泛转录组的构建方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明涉及植物属内泛转录组的构建方法及其应用,该方法通过以下步骤实现:获取属内不同物种的二三代转录组数据并质控,利用HISAT2等软件比对参考基因组,经StringTie拼接后通过gffcompare筛选有效转录本;基于ORF长度(≥100aa为mRNA,10‑99aa为小肽转录本,<10aa为ncRNA)分类转录本及基因;通过编码基因和非编码基因分析物种间序列保守性,将基因划分为核心、可选、特异类型;最终整合构建包含三类转录组的属水平泛转录组。本发明首次实现植物属内跨物种泛转录组的系统构建,可解析蛋白质编码基因、小肽及非编码RNA的保守性与差异性,为植物功能基因组研究提供新工具。
本发明授权一种植物属内泛转录组的构建方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种植物属内泛转录组的构建方法,其特征在于,包括以下步骤: (1)数据准备与质控:获取植物属内不同物种的二代和三代转录组测序数据,包括不同组织和发育时期的样本;使用质量检测软件对测序数据进行质控,去除低质量碱基和接头序列; (2)转录本拼接与筛选:将质控后的二三代转录组测序数据分别比对到对应物种的参考基因组,使用转录本拼接软件合并二三代拼接结果,保留预设覆盖度阈值以上的转录本;通过与参考基因注释比对,筛选出有效转录本; (3)基于开放阅读框的转录本分类:对各物种有效转录本进行开放阅读框鉴定,根据开放阅读框长度将转录本分为编码蛋白质的转录本、编码小肽的转录本和非编码RNA;并基于转录本分类结果,将基因位点判定为编码蛋白质的基因、编码小肽的基因或非编码基因; (4)物种间基因保守性鉴定:对编码蛋白质或小肽的基因,基于氨基酸序列同源性分析,鉴定核心基因、可选基因和特异基因;对非编码基因,基于核苷酸序列同源性分析,鉴定核心非编码基因、可选非编码基因和特异非编码基因; (5)泛转录组整合构建:将核心基因、可选基因、特异基因及其对应转录本,与核心非编码基因、可选非编码基因、特异非编码基因及其对应转录本合并,构建属水平的泛转录组。
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