硅羿科技(上海)有限公司李敬彬获国家专利权
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龙图腾网获悉硅羿科技(上海)有限公司申请的专利基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标设计方法、应用及计算机程序产品获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120126561B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510525341.9,技术领域涉及:G16B30/00;该发明授权基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标设计方法、应用及计算机程序产品是由李敬彬;唐雪明;于佳梅;王仁杰;李佳宁设计研发完成,并于2025-04-25向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标设计方法、应用及计算机程序产品在说明书摘要公布了:本发明涉及生物信息技术领域,提供一种基于热力学参数的dsRNAsiRNA靶标序列设计方法,包括对候选基因的编码序列进行标准化处理;预设一个阅读框,通过阅读框的平移对候选基因的编码序列进行分割,得到多个候选dsRNAsiRNA靶标序列;读取并分析候选dsRNAsiRNA靶标序列,获得所有候选dsRNAsiRNA靶标序列的碱基对;预设所有碱基对的热力学参数,计算所有碱基对的热力学参数之和,结合修正参数获得候选靶标序列的最终热力学参数;根据热力学参数计算每个候选dsRNAsiRNA靶标序列的评分,将评分最高的确定为最优的dsRNAsiRNA靶标序列。
本发明授权基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标设计方法、应用及计算机程序产品在权利要求书中公布了:1.一种基于热力学参数的dsRNAsiRNA靶标序列设计方法,其特征在于,所述设计方法包括: (1)对候选基因的编码序列进行标准化处理;标准化处理包括:序列检查,分析编码序列是否对称;去冗余信息,确保编码序列只包含AGCT的DNA序列;完成大小写转换,将编码序列统一为大写格式;将DNA序列的T转换为U; (2)预设一个阅读框的长度为a,平移的步长为b,通过阅读框的平移对候选基因的编码序列进行分割,得到多个候选dsRNAsiRNA靶标序列; (3)基于个体最近邻模型读取并分析候选dsRNAsiRNA靶标序列,获得所有候选dsRNAsiRNA靶标序列的碱基对; (4)预设所有碱基对的热力学参数,计算所有碱基对的热力学参数之和,结合修正参数获得候选dsRNAsiRNA靶标序列的最终热力学参数; 最终热力学参数FE的计算式为: FE=Gnn+Gsym+Gt1+Gt2+Gin; 其中,Gnn是基于最近邻模型计算得到的碱基对能量参数之和; Gsym是用于衡量候选dsRNA靶标序列的结构对称性,若候选dsRNA靶标序列的结构呈现对称特征,Gsym取0.43,否则取0; Gt1是针对候选dsRNA靶标序列的首个碱基进行判断,若第1个碱基为A或U时,Gt1取0.45,否则取0; Gt2是针对候选dsRNA靶标序列的最后一个碱基进行判断,若最后一个碱基为A或U时,Gt2取0.45,否则取0; Gin是所有dsRNA靶标序列的补偿值,用于对整体能量参数进行适当的修正和调整; (5)根据最终热力学参数计算每个候选dsRNAsiRNA靶标序列的评分,并对评分进行排序,将评分最高的一个或多个候选dsRNAsiRNA靶标序列确定为最优的dsRNAsiRNA靶标序列。
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