全国农业技术推广服务中心;江苏省农业科学院金石桥获国家专利权
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龙图腾网获悉全国农业技术推广服务中心;江苏省农业科学院申请的专利一种基于等位基因频率的SNP数据量化编码方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115223656B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210874410.3,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权一种基于等位基因频率的SNP数据量化编码方法是由金石桥;许乃银;晋芳;刘丰泽;杨晓妮;任雪贞;孙全设计研发完成,并于2022-07-21向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于等位基因频率的SNP数据量化编码方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于等位基因变异频率的SNP数据量化编码方法。本发明所提供的SNP数据量化编码方法,基于SNP位点下各品种或样本次要变异基因的频次分别对主要变异基因的纯合基因型、次要基因的纯合基因型和杂合基因型量化编码,使编码后的SNP数据具有明确的统计学和专业意义,与传统的统计分析方法兼容,更容易进行SNP位点评价与样本相似性分析。实验证明,本发明所提供的SNP数据量化编码方法可实现直观便捷的样本间及位点间相似性或相异性比较和分类评价,数据的专业意义更加明确,数据分析方法更加丰富,不受生物技术领域统计软件的限制,适用于更广泛的经典统计学方法和软件,对样本和位点的评价更加灵活、直观和全面。
本发明授权一种基于等位基因频率的SNP数据量化编码方法在权利要求书中公布了:1.一种基于等位基因频率的SNP数据量化编码方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤: 1SNP数据量化预编码:在各SNP位点的次要等位基因未明确的情况下,即假定某SNP位点下任一个等位基因为次要等位基因,则另一等位基因为主要等位基因;将假定次要等位基因的纯合基因型编号为2,主要等位基因的纯和基因型编号为0,杂合基因型编号为1,缺失值用空白表示,从而将原来的由核苷酸字母组合的属性数据转化为由0、1、2数字组成的m×n数据矩阵,m和n分别表示品种或样本数和SNP位点数,完成SNP数据的预编码; 2SNP数据量化编码校正:基于上述m×n数据矩阵计算各SNP位点的假定MAF值,即H_MAF值,以检验假定次要等位基因的真实性;如H_MAF值0.50,则接受假定;如H_MAF值≥0.50,则拒绝假定,并且将相应SNP位点所在列的数字0和2互换,使矩阵中所有数字2和0都分别代表次要等位基因和主要等位基因的纯合基因型,从而完成SNP数据量化编码流程; 其中,第j个SNP位点的H_MAF值在MSExcel中的计算公式如下: H_MAFj=SUMSNP1j:SNPmjCOUNTSNP1j:SNPmj*2*100%…………1 其中,H_MAFj表示第j个SNP位点的H_MAF值,m为品种或样本容量,SNP1j、SNPmj分别表示量化编码矩阵第1行j列、第m行j列的量化编码。
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