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中国科学院天津工业生物技术研究所;天工生物科技(天津)有限公司王猛获国家专利权

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龙图腾网获悉中国科学院天津工业生物技术研究所;天工生物科技(天津)有限公司申请的专利一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118711661B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-22发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410851880.7,技术领域涉及:G16B25/20;该发明授权一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具是由王猛;张悦;程海娇;毛雨丰;杨毅;杨春贺;许涛;赵募强;廖小平;马红武设计研发完成,并于2024-06-28向国家知识产权局提交的专利申请。

一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具在说明书摘要公布了:本发明涉及一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具,包括数据预处理单元解析用户上传的Excel文件,确定质粒文件名及目标基因和抗性基因的序列和位置;单点突变引物设计单元使用Primer3软件生成PCR引物和突变质粒文件;双点突变引物设计单元根据突变间距处理三种双点突变引物设计情况;测序验证引物设计单元生成测序所需引物;重组质粒图谱单元通过Bio工具包重组成新的质粒文件;数据检测收集单元检测并收集引物设计和质粒改造数据生成检测报告。有益效果:通过使用Primer3软件及BioPython工具包,自动解析用户序列数据设计PCR引物,并生成包含引物的突变质粒文件以及自动重组新的质粒文件。

本发明授权一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具在权利要求书中公布了:1.一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具,其特征在于:包括: 数据预处理单元1,所述数据预处理单元1读取并解析用户上传的Excel文件,去重并分组得到质粒文件名,判断每个样本的突变类型和质粒文件是否符合要求,并解析质粒文件确定目标基因和抗性基因的序列和位置; 单点突变引物设计单元2,所述单点突变引物设计单元2使用Primer3软件包,根据输入的模板序列和用户设置的设计参数生成PCR引物,生成包含引物的突变质粒文件; 双点突变引物设计单元3,所述双点突变引物设计单元3用于处理双点突变的引物设计,根据突变间距分为三种双点突变引物设计情况; 测序验证引物设计单元4,所述测序验证引物设计单元4用于根据设计的突变和质粒序列生成测序所需的引物; 重组质粒图谱单元5,所述重组质粒图谱单元5基于引物设计结果和PCR产物序列,通过Bio工具包将突变后的新基因和引物重组成新的质粒文件; 数据检测收集单元6,所述数据检测收集单元6用于检测引物设计和质粒改造过程中产生的数据,收集成功和失败的设计结果,保存错误信息,并生成详细的检测报告; 所述数据预处理单元1包括数据解析校验模块、序列提取模块和数据校验规范模块; 其中,所述数据解析校验模块读取Excel内容,对template列进行去重和分组,判断每个样本的突变类型是否符合预期格式,并检查质粒文件是否与指定的一致;若突变类型符合预期格式则该样本通过初步校验,若突变类型不符合预期格式,则由数据检测收集单元6记录错误信息; 其中,所述序列提取模块根据不同质粒名,解析.gb和.dna文件,判断目标基因和抗性基因的方向及是否跨零点,并以零点为中心,顺时针方向提取基因的序列和位置数据;若目标基因和抗性基因的方向及位置在质粒文件中明确且不跨零点,则可以直接提取相应的序列信息,若目标基因和抗性基因的方向不明确和跨零点,需要重新定义序列提取的起点和终点; 其中,所述数据校验规范模块用于校验Excel文件中突变前的碱基、位置是否与质粒相同位置的碱基一致,将aminoacid突变转换为核苷酸突变形式;如果Excel文件中记录的突变前碱基和位置与质粒文件中对应位置的碱基一致,则继续进行突变内容的规范化处理,如果Excel文件中记录的突变前碱基和位置与质粒文件中对应位置的碱基不一致,则由数据检测收集单元6记录错误信息; 所述双点突变引物设计单元3包括双点突变设计类型模块、第一种双点突变引物设计模块、第二种双点突变引物设计模块和第三种双点突变引物设计模块; 其中,所述双点突变设计类型模块用于读取突变间距数据,根据突变间距的大小,确定对应的引物设计方案;如果突变间距在0到21bp之间,进入第一种双点突变引物设计模块;如果突变间距在21到120bp之间,进入第二种双点突变引物设计模块;如果突变间距大于120bp,进入第三种双点突变引物设计模块。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中国科学院天津工业生物技术研究所;天工生物科技(天津)有限公司,其通讯地址为:300308 天津市东丽区空港经济区西七道32号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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