南京邮电大学郭丽获国家专利权
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龙图腾网获悉南京邮电大学申请的专利一种跨物种编码多肽sORF的预测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114154396B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-05发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202111305379.3,技术领域涉及:G06F30/27;该发明授权一种跨物种编码多肽sORF的预测方法是由郭丽;姜雯雯;夏道良设计研发完成,并于2021-11-05向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种跨物种编码多肽sORF的预测方法在说明书摘要公布了:本发明属于生物信息领域,公开了一种跨物种编码多肽sORF的预测方法,整合了sORF数据库中人和小鼠、TAIR数据库中拟南芥以及NCBI数据库中部分原核生物的可编码蛋白的DNA序列,并通过数据过滤策略和负样本产生策略构建各物种相应的正负样本;提取序列特征,并利用最大相关最小冗余和增量选择的方法对训练集进行特征筛选,得到不同方法对应的最佳特征集,构建肽编码sORF预测模型;利用贪婪的网格搜索方法进行参数优化,构建基于支持向量机的最佳预测模型,并通过灵敏度、特异度、准确率和马修斯相关系数对预测模型经行评估。本方法有助于分类识别肽编码sORFs,对肽编码sORFs的研究和基因注释有重要意义。
本发明授权一种跨物种编码多肽sORF的预测方法在权利要求书中公布了:1.一种跨物种编码多肽sORF的预测方法,其特征在于,包括以下步骤: 将非编码序列产生策略应用于多个物种的肽编码sORFs的数据集,分别得到与之对应的非编码sORFs数据集;非编码序列产生策略为:固定起始密码子和终止密码子,随机打乱每个正sORF序列;确保在序列末端的终止密码子之前没有任何终止密码子; 将各物种的肽编码sORFs和非编码sORFs分别去冗余,得到各物种相应的正负样本,构建训练集和测试集;去冗余方法为:通过CDHit程序,将各物种的肽编码sORFs和非编码sORFs分别去冗余,得到各物种相应的正负样本,构建训练集和测试集;去冗余阈值设为0.80,滤除相似度大于80%的DNA序列; 根据9种不同的特征选取策略,提取各数据集中相应的特征参数;所述9种不同的特征选取策略分别为:CPPred、2mer、3mer、TN、ITN、Cylindrical、Spherical、Codon、Amino;结合最大相关最小冗余策略和增量选择方法选取表现较好的特征,构建相应特征集;构建基于支持向量机肽编码sORFs的预测模型,将训练集的特征集用于模型训练;利用贪婪的网格搜索方法对训练模型进一步优化,分别得到指定参数范围内的最佳预测模型;利用预测模型对测试集进行预测,分析各数据集预测结果,比较评估不同特征选取策略的预测效率,得到表现最好的特征集和预测模型作为最佳的特征集和预测模型。
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