内蒙古大学左永春获国家专利权
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龙图腾网获悉内蒙古大学申请的专利一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119339807B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-16发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411371473.2,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法是由左永春;龙春伸;李寒霜;代冰杰设计研发完成,并于2024-09-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法,该方法包括:构建共表达基因网络;根据共表达基因网络计算细胞命运概率;根据细胞命运概率重建细胞命运转变的发展轨迹;根据共表达基因网络判断调控子的激活状态;根据共表达基因网络构建转录因子反馈回路;根据细胞命运转变的发展轨迹、调控子的激活状态和转录因子反馈回路识别细胞命运转变途径。该方法可以捕捉驱动细胞命运转变的基因调控网络信息,并根据基因调控网络信息破译细胞命运转变途径。
本发明授权一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法在权利要求书中公布了:1.一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法,其特征在于,包括如下步骤: 构建共表达基因网络;所述共表达基因网络为表达矩阵;构建所述共表达基因网络的具体步骤包括:根据基因的偏相关系数构建偏相关系数矩阵;通过基因调控网络去除所述偏相关系数矩阵中的假阳性调控关系,得到所述共表达基因网络; 根据所述共表达基因网络计算细胞命运概率;具体步骤包括: 通过贝叶斯岭回归法偶联所述共表达基因网络中的相邻时间点,得到传输成本矩阵;所述传输成本矩阵的计算公式为:;其中,表示时间点的某个细胞,表示时间点的某个细胞,表示基因从细胞中的表达模式转变为细胞中的表达模式的传输成本,表示基因在细胞和细胞中表达水平的差值,表示基因的第个上游转录因子在细胞和细胞中表达水平的差值,是基因的第个上游转录因子对应的回归系数,表示取绝对值; 通过最优传输算法对所述传输成本矩阵进行优化,得到最优传输矩阵;所述最优传输算法为熵正则化算法;所述熵正则化算法的计算公式为:;;其中,i为基因源分布中的元素,j为基因目标分布中的元素,p为基因源分布,q为基因目标分布,为到的传输量,为的成本,和分别为和中元素的概率,为正则化参数; 根据马尔可夫链和所述最优传输矩阵偶联所述共表达基因网络中的不相邻时间点,得到综合传输矩阵; 根据所述综合传输矩阵计算所述细胞命运概率; 根据所述细胞命运概率重建细胞命运转变的发展轨迹;具体步骤为:根据预设的命运概率阈值对所述细胞命运概率进行分析,得到布尔掩码,并根据所述布尔掩码重建细胞命运转变的所述发展轨迹; 根据所述共表达基因网络判断调控子的激活状态;具体步骤包括: 识别所述基因调控网络中的转录因子和靶基因,并将所述转录因子和所述靶基因作为调控子集合; 计算所述转录因子和靶基因的偏相关性; 根据所述偏相关性的数值判断所述调控子的激活状态;具体步骤为:当正相关数值大于0.5时,判断所述转录因子与所述靶基因是激活关系,即所述调控子为激活状态;当负相关数值小于-0.5时,判断所述转录因子与所述靶基因是抑制关系,即所述调控子为抑制状态; 根据所述共表达基因网络构建转录因子反馈回路;具体步骤包括: 选取所述基因调控网络中充当下游调控靶标的转录因子; 计算所述转录因子之间的偏相关性,并根据所述偏相关性判断所述转录因子之间的作用关系; 根据所述转录因子和所述转录因子之间的作用关系构建有向图,并根据所述有向图识别所述转录因子反馈回路; 根据所述细胞命运转变的发展轨迹、所述调控子的激活状态和所述转录因子反馈回路识别细胞命运转变途径。
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