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龙图腾网获悉陕西师范大学申请的专利一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN116741276B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-16发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202310513839.4，技术领域涉及：G16B30/10；该发明授权一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法是由苏春;赵心清设计研发完成，并于2023-05-09向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法在说明书摘要公布了：本发明提供了一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法，其包括以下步骤：1全面数据库的建立：对于非模式菌株定制包含基因组预测与转录组检测的数据库；2样品处理：提取不同代谢时间点的样品中的多肽并进行富集，然后将富集到的微肽进行高精密度DIA质谱检测；3SEP鉴定结果分析：通过质谱数据分析得到样品微肽的定性与定量结果，并将质谱数据同时采用数据库搜索与不依赖于数据库的denovo测序的鉴定方法寻找新颖的多肽与ncRNA。本发明有助于在多肽测序中测到氨基酸长度更长的多肽和提高蛋白对应多肽的覆盖率，为后续分析提供更可靠的肽段定位和定量信息。

本发明授权一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法在权利要求书中公布了：1.一种海洋链霉菌S187中小蛋白预测和鉴定方法，其特征在于，其包括以下步骤： 1全面数据库的建立：对于非模式菌株定制包含基因组预测与转录组检测的数据库； 2样品处理：提取不同代谢时间点的样品中的多肽并进行富集，然后将富集到的微肽进行高精密度DIA质谱检测； 3SEP鉴定结果分析：通过质谱数据分析得到样品微肽的定性与定量结果，并将质谱数据同时采用数据库搜索与不依赖于数据库的denovo测序的鉴定方法寻找新颖的多肽与ncRNA； 包括以下步骤： 3.1数据库搜索鉴定SEPs：使用t检验对样品多肽的定量值进行差异分析，卡Pvalue≤0.05，Foldchange≥1.5，得到差异肽段，再根据肽段差异情况使用投票法对其对应的蛋白的上下调情况进行统计，并筛选氨基酸序列长度在100aa以下的小蛋白作为所鉴定到的SEPs； 3.2Denovo测序重分析：根据多肽组测序得到的质谱数据，使用denovosequencing对质谱数据进行了重分析，以检测到数据库中可能不包含的novelSEPs，测序结果和从头测序中novelSEPs筛选过程如下： 3.2.1Denovo测序主要参数设置： 使用PEAKSStudio多肽组测序质谱数据进行重分析，使用denovosequencing的方法根据质谱分子量对肽段进行序列鉴定，并使用PEAKSDB对鉴定到的肽段进行数据库搜库以确定肽段-蛋白归属，将denovo测序结果与数据库搜索结果结合以提供翻译后修饰和突变等全新肽段的附加信息，数据库搜索不到的肽段即被视为denovoonlypeptide；数据库设置为S187转录组测序所生成的转录组六帧翻译库，参数设置Noneenzyme即非酶切，搜库参数碎片离子质量容许误差：0.02Da，母离子质量容许误差：7ppm，允许三种可变修饰：OxidationM15.99、AcetylationProteinN-term42.01、DeamidationNQ0.98，且所有肽段经过-10logP≥20质控过滤； 3.2.2Denovopeptide分析： 使用了三种方法对denovoonlypeptide进行了去冗余和基因组定位，首先使用ORFFinder对S187全基因组和S187转录组测序得到的全部转录本的核苷酸序列进行六帧翻译建库，通过肽谱匹配软件PeptideMapper，将denovoonly的所有肽段映射到两种蛋白质库中，从映射到数据库中的肽段中筛选对应100aa以下的ORF的肽段，并将其再提交到UniProt的Peptidesearch工具进行搜索；参数设置如下：搜索物种限定为Actinobacteria，并将亮氨酸和异亮氨酸视为等价物，由此过滤掉UniProt数据库中已报导的蛋白中存在的肽段；通过肽段对应的ORFID进一步确定剩余新肽段的基因组位置，并统计其所在的ORF位置坐标，肽段与对应ORF的起始密码子和终止密码子的距离，筛选得到SEP，其中具有平均局部置信度≥80％且没有后修饰的肽段作为高可信度的新肽段； 3.3ncRNA预测：通过将S187转录组测序质控后的cleanreads映射回基因组，使用Cufflink或Stringtie进行依据参考基因组注释文件转录组组装；并使用Cuffcompare将组装好的转录本与基因组注释文件进行比对，根据基因组位置信息对新转录本进行分类，对新转录本和ncRNA进行了预测； 3.4链霉菌S187与模式菌株共有SEPs预测： 3.4.1模式菌株转录组数据分析 选取SRA公共数据库中的链霉菌属模式菌株天蓝色链霉菌的转录组数据，采用以下分析方法进行处理： 质控：首先使用软件fastqc和Trimmomatic对rawdata的reads进行数据质控，通过检测则作为cleandata进行后续分析； cleandata映射回基因组：使用两种转录组分析流程进行了转录组分析，分别用到了Bowtie2和STAR软件进行readsmapping，首先需要根据天蓝色链霉菌参考基因组fasta文件分别构建两软件的索引文件，再根据索引文件使用Bowtie2和STAR两软件对fastq文件中的cleanreads进行映射回贴到参考基因组；将得到的sam文件通过samtools转换和排序，依次生成二进制的bam文件和根据基因组顺序排序后的sorted.bam；使用基因组浏览器IGV打开排序后的bam文件，可用来可视化测序reads和基因组以及注释信息等的分布情况； 转录本定量和smORFs筛选：对应于Bowtie2和STAR的reads映射回基因组，分别使用了featureCounts工具和RSEM软件依据天蓝色链霉菌基因组注释文件分别进行了转录本的定量；得到cleandata中对应基因片段的reads的count数，由count数先标准化测序深度，再进行基因长度的标准化，得到FPKM，即每百万reads中该基因的每千碱基长度对应的reads数，来估算基因的表达水平；普遍将FPKM大于1作为该基因稳定转录的必要条件，筛选7组转录组数据中转录本长度小于等于303nt，且FPKM均大于1的作为天蓝色链霉菌中潜在的smORFs； 3.4.2共有SEPs和S187特有SEPs预测： 使用EMBOSS中的Transeq工具将天蓝色链霉菌转录组smORFs翻译成氨基酸序列，生成SEPs氨基酸序列；将其作为query，使用BLASTp与基因组smORFs预测所建的S187基因组smORFs全库氨基酸序列进行比对，同时使用tBLASTn与S187全基因组核苷酸序列进行比对，E-value设置为1e-5；成功参与匹配的SEPs作为两株菌共有SEPs进一步提交到CD-search在线工具进行保守结构域查找和功能位点预测，同时具备两特征的SEPs将作为更可能真实存在和发挥功能的小蛋白参与后续的分析； 使用BLASTp对天蓝色链霉菌和S187两株菌共有的SEPs和126个DBsearch鉴定到的SEPs进行比对，参数选择Evalue为1e-5，输出格式为outfmt6，将没有参与匹配的小蛋白作为S187特有的SEPs。

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