中国水产科学研究院黄海水产研究所叶乃好获国家专利权
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龙图腾网获悉中国水产科学研究院黄海水产研究所申请的专利一种筛选跨物种HGT的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119943151B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-23发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510103119.X,技术领域涉及:G16B35/20;该发明授权一种筛选跨物种HGT的方法是由叶乃好;范晓;吴宇坤;张晓雯;徐东;王依涛;孙科;张朋艳;王乐普;王巍设计研发完成,并于2025-01-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种筛选跨物种HGT的方法在说明书摘要公布了:本发明属于生物信息学技术领域,具体涉及一种筛选跨物种HGT的方法。该方法包括构建背景数据库、推断同源组、构建基因系统发育树、基于基因树的HGT推断、基于基因树推断候选HGT的验证、将HGT分配到时间线等步骤。该方法通过整合系统发育分析、序列比对、基因功能注释以及统计验证等多步骤流程,实现了对大量基因数据集中HGT事件的高通量、自动化筛选。本发明的方法特别适用于跨越生物界的超长时间长度和超远进化距离的HGT研究,能够为理解生物进化历程中的基因流动和功能增强提供重要的科学工具。
本发明授权一种筛选跨物种HGT的方法在权利要求书中公布了:1.一种筛选跨物种HGT的方法,其特征在于,包括以下步骤: 步骤一:构建背景数据库,所述背景数据库包含涵盖原核生物和真核生物系统发育谱系的已知蛋白质序列,并去除高度同源和冗余的序列; 步骤二:对背景数据库中的任意两条蛋白质序列进行BLAST比对,计算基于每对基因组合中的互为最佳比对的同源组关联网络,并采用无监督的隐马尔可夫聚类算法对同源组关联网络进行聚类,生成包含多个同源组的数据库; 步骤三:对于每个待分析的查询蛋白质序列,在背景数据库中搜索同源序列,并进行严格的序列比对和修剪,构建单基因系统发育树,并通过超快速自举测试、类似然比近似测试、近似贝叶斯测试、快速局部自举概率测试中的至少一项评估进化树各个分支的支持度; 步骤四:在以查询序列为中心构建的单基因系统发育树中检索该查询序列与遗传距离上远缘序列相互嵌套的拓扑结构;通过定义嵌套位置、设置最小支持节点阈值,筛选出潜在的跨物种HGT;同时,记录查询序列在受体组和供体组中的单系最相似匹配序列; 步骤五:通过计算外异指数、HGT得分支持指数、HGT分支长度支持指数及其共识命中支持指数,评估潜在的跨物种HGT的置信度; 步骤六:通过追踪跨物种HGT后代的最小分类边界和供体后代的最小分类边界,估计跨物种水平转移事件的发生时间;结合分子钟方法和考古、化石证据,为跨物种HGT提供时间背景。
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