南京世和基因生物技术股份有限公司;南京世和医学检验有限公司;南京世和医疗器械有限公司邵阳获国家专利权
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龙图腾网获悉南京世和基因生物技术股份有限公司;南京世和医学检验有限公司;南京世和医疗器械有限公司申请的专利一种基于ctDNA的实体瘤MRD检测方法、检测系统和计算机可读取介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119943142B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-26发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510102066.X,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权一种基于ctDNA的实体瘤MRD检测方法、检测系统和计算机可读取介质是由邵阳;汪笑男;那成龙;徐昊;常志力;张金奉;逄娇慧;张宪设计研发完成,并于2025-01-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于ctDNA的实体瘤MRD检测方法、检测系统和计算机可读取介质在说明书摘要公布了:本发明涉及一种基于ctDNA的实体瘤MRD检测方法、检测系统和计算机可读取介质,属于肿瘤基因检测技术领域。本发明提出了在动态血浆检测时,基于组织基线突变位点进行血浆样本MRD定性的方法。本方法通过计算单碱基突变的背景错误率,基于该错误率模拟突变读数,与实际观察到的突变读数进行比较,统计模拟的突变读数大于实际观察突变读数的次数。通过在突变位点上的多次模拟结果计算样本ctDNA阳性的p值。
本发明授权一种基于ctDNA的实体瘤MRD检测方法、检测系统和计算机可读取介质在权利要求书中公布了:1.一种实体瘤ctDNAMRD检测方法,其用于非治疗与诊断目的,其特征在于,包括如下步骤: 步骤1,对受试者的血浆样本进行高通量靶向测序,获取样本测序数据;所述的受试者已经接受过其组织样本的体细胞突变高通量靶向测序,并且具有组织样本阳性体细胞突变数据; 步骤2,对于所获得的血浆样本的测序数据,计算出各类三碱基突变类型的背景突变率pb; 步骤3,将所获得的样本测序数据与参考基因组比对,获得所述的组织样本阳性体细胞突变的对应位点上的突变数据; 步骤4,基于步骤2中获得的三碱基突变类型的背景突变率,在步骤3中获得的组织样本阳性体细胞突变的对应位点上,通过随机模拟的方式,确定出血浆样本中位点上是否存在突变; 步骤5,重复步骤4进行模拟,并统计出模拟条件下没有突变的概率p; 步骤6,进行如下判定:(1)若高通量靶向测序中发现的血浆突变中包含了组织突变,并且所有突变的reads数大于等于3,则判定该样本为MRD阳性;(2)若高通量靶向测序中发现的血浆突变中包含了组织突变,并且所有突变的reads数小于3,则判定该样本为MRD阴性;(3),对于(1)和(2)外的其他情况,若p阈值时,则认为血浆样本的MRD为阳性; 步骤2中,三碱基突变类型的背景突变率通过如下步骤获得:将BAM文件、参考序列文件和组织基线阳性突变进行堆叠操作,生成指定区域的pileup格式数据,过滤掉常见的SNP位点和黑名单位点后,再过滤掉测序深度过小或者非参考碱基总频率过大的位点;统计出各类的三碱基突变类型的突变频率,作为背景突变率pb;测序深度过小是指小于6,非参考碱基总频率过大是指大于8%; 步骤4中,所述的随机模拟方法是指: 对于M个突变位点,使用背景突变率pb进行模拟,对于每个突变位点i,突变位点的测序深度为Di,其中i=1,2,……M,生成一个随机变量Xi,Xi表示位点i上发生突变的reads数,定义Xi~BinomialDi,pb,如果位点i发生突变,Xi0,否则Xi=0; 计算模拟中发生突变的位点reads总数S,,其中是指示函数,当Xi0时其值为1,当Xi=0时其值为0; 设Sobs是实际观察到的发生突变的位点reads数,fobs是实际观察到的M个突变位点的平均突变频率,对于模拟数据,平均突变频率为: ; 对于每次模拟,如果S≥Sobs,且f≥fobs,则I=1,否则I=0,I为一次模拟比较的结果; 步骤5中,概率p通过下式得到: ; 其中Ij是第j次模拟结果与观察数据的比较,N是重复模拟次数。
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