中国科学院苏州生物医学工程技术研究所;苏州科技城医院周元帅获国家专利权
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龙图腾网获悉中国科学院苏州生物医学工程技术研究所;苏州科技城医院申请的专利一种胶质母细胞瘤中分子差异的分析方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119314556B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411414245.9,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权一种胶质母细胞瘤中分子差异的分析方法及其应用是由周元帅;孙敏轩;杨姣;胡久锟;撒小涵;杨跃;韩玉文;吴杰设计研发完成,并于2024-10-11向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种胶质母细胞瘤中分子差异的分析方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明提供一种胶质母细胞瘤中分子差异的分析方法及其应用,属于生物技术领域。本申请利用差异基因表达分析、空间转录组学分析、去卷积分析、单细胞RNA测序数据和免疫荧光,鉴定了与假性栅栏样坏死PAN和微血管增生MVP相关的特定分子特征,并揭示了这些组织结构之间的差异。结果表明,PAN和MVP具有特定标记基因的空间表达,并富集不同表型的内皮细胞;单细胞轨迹推断了胶质母细胞瘤干细胞GSC向EC分化的伪时间轨迹。本发明揭示了内皮细胞在GBM的PAN和MVP区域中所扮演的不同角色,突出了肿瘤微环境的复杂性和多样性,为GBM中内皮细胞的亚群和GSCs向内皮分化提供了新见解。
本发明授权一种胶质母细胞瘤中分子差异的分析方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种胶质母细胞瘤中的内皮细胞分子差异的分析方法,其特征在于,包括如下步骤: 1基于Ivy‑GAP数据集,提取胶质母细胞瘤的细胞肿瘤CT、坏死周围的假栅栏样细胞PAN和微血管增生MVP区域的基因表达谱,并进行差异基因表达分析,确定PAN和MVP标志基因; 2基于不含IDH突变的GBM样本的空间转录组学数据集,进行空间转录组学分析,识别坏死周围的假栅栏样细胞PAN和微血管增生MVP区域的空间可变基因,实现PAN和MVP标志基因的空间定位; 3采用GBM样本的空间转录组学数据集,通过去卷积分析,确定不同细胞类型; 4基于scRNA‑seq数据集进行单细胞RNA测序数据分析,得到PAN和MVP标志基因在各个细胞类型中的基因表达,并对所有的细胞类型进行伪时间分析; 5基于内皮细胞的异质性,进行无监督聚类分析,确定内皮细胞在GBM的PAN和MVP区域中所扮演的不同角色; 步骤1所述Ivy‑GAP数据集为来源于Ivy Glioblastoma Atlas Project的原发性人类胶质母细胞瘤不同解剖区域的RNA‑seq数据集; 所述差异基因表达分析的步骤为:将原发性人类胶质母细胞瘤不同解剖区域的RNA‑seq数据集进行log2n+1 格式转换,然后将得到的数据通过limma包对不同解剖区域的成对数据进行质量控制和差异表达分析;使用UPsetR包进行交集查询,并通过clusterProfiler包将重叠基因ID从SYMBOL格式转换为ENTREZID格式,并在生物过程、分子功能和细胞成分的基因本体功能富集分析和KEGG富集分析,得到原发性人类胶质母细胞瘤不同解剖区域的差异表达基因数据,确定PAN和MVP标志基因; 步骤2所述空间转录组学分析的步骤为: 将不含IDH突变的GBM样本的空间转录组学数据集进行过滤,使用SCTransform函数对每个位置的基因表达进行规范化,然后从高度可变基因中提取主成分,并设置分辨率参数进行聚类;使用Seurat和SpaGCN工具包识别在10X Visium数据集中识别稳健的空间可变基因,并通过Seurat将每个样本中同一簇的点整合为伪块,实现PAN和MVP标志基因的空间定位; 所述过滤的条件为:基因数在500至8000之间,转录数小于30000,线粒体基因的比例小于30%;所述提取的主成分的数量为30个,所述分辨率参数设置为0.5。
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