苏州大学吴庭芳获国家专利权
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龙图腾网获悉苏州大学申请的专利一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120496641B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510984075.6,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法及系统是由吴庭芳;蔡蔚然;张艺;陈桃宁设计研发完成,并于2025-07-17向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法及系统在说明书摘要公布了:本发明涉及生物信息技术领域,尤其是指一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法、系统及计算机可读存储介质,包括:构建PreRBP模型,包括特征提取模块和预测模块;特征提取模块包括一个TransRNAm模块和三个EMLinter模块,每个EMLinter模块以一个miRNA和环状RNA作为输入,利用注意力机制和门控机制提取环状RNA与的miRNA的互作关系特征,使得在后续预测中能够发现RNA之间的相互作用。本发明利用其他RNA转录后调控机制与RBP结合性之间的共性与影响,提高环状RNA与RBP相互作用的预测准确性。
本发明授权一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种环状RNA与RBP相互作用的预测方法,其特征在于,包括: 选取三个不同的miRNA,方法为:将数据库中的miRNA通过KMeans聚类方法分为三类,并在每个类别中选取一个miRNA,并补齐至 25bp; 将环状RNA补齐至22743bp,输入TransRNAm模块,得到环状RNA特征向量;所述TransRNAm模块包括依次连接的Word2Vec模型、Transformer编码块和卷积神经网络;所述Transformer编码块的输出特征与卷积神经网络的输出特征通过跳跃连接拼接后得到环状RNA特征向量; 将三个不同的miRNA分别和环状RNA输入三个EMLinter模块,分别得到第一融合特征向量、第二融合特征向量和第三融合特征向量; 每个EMLinter模块包括注意力分支和门控分支; 在注意力分支中,将环状RNA和miRNA分别经过其对应的嵌入层和卷积块,得到环状RNA的第一中间特征和miRNA的第一中间特征,再分别经过近似注意力机制,得到环状RNA的第二中间特征和miRNA的第二中间特征;将环状RNA的第一中间特征和第二中间特征拼接后、miRNA的第一中间特征和第二中间特征拼接后分别输入其对应的最大池化层,得到环状RNA的第一目标特征和miRNA的第一目标特征,拼接后经过全连接层得到注意力分支的输出特征; 在门控分支中,环状RNA和miRNA分别经过其对应的嵌入层、BiGRU门控机制、卷积块和最大池化层,得到环状RNA的第二目标特征和miRNA的第二目标特征,拼接后经过全连接层得到门控分支的输出特征; 将注意力分支的输出特征和门控分支的输出特征拼接后得到融合特征向量; 将环状RNA特征向量、第一融合特征向量、第二融合特征向量和第三融合特征向量拼接后输入预测模块进行二分类,得到环状RNA与RBP相互作用的预测结果;所述预测模块包括依次连接的三个线性层和softmax激活函数。
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