上海唯可生物科技有限公司倪帅获国家专利权
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龙图腾网获悉上海唯可生物科技有限公司申请的专利基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117746982B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311733844.2,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法是由倪帅;孔华磊;阚科佳;朱凤娇;何峰;吴宁;侯宇宸设计研发完成,并于2023-12-15向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法在说明书摘要公布了:本发明公开了基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法,对病毒IS信息数据进行正负链矫正、冗余整合的预处理;步骤2、在预处理完成后,对非特异性扩增造成的IS进行识别,以去除因PCR非特异扩增引起的假阳性IS检测结果;步骤3、根据位点聚类算法对临近位置的IS进行合并,并聚类;步骤4、根据聚类结果对克隆平面进行分析,并对优势克隆进行描述;本发明利用PCR引物相似性排名算法,对可能的PCR引物相似性导致的非特异性扩增进行识别和去除,在实际应用中显著降低IS识别的假阳性,提升准确率。
本发明授权基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法在权利要求书中公布了:1.基于外源DNA插入突变导致的优势克隆的检测方法,其特征在于,包括以下步骤: 步骤1、对病毒IS信息数据进行正负链矫正、冗余整合的预处理; 步骤2、在预处理完成后,对非特异性扩增造成的IS进行识别,以去除因PCR非特异扩增引起的假阳性IS检测结果; 步骤3、根据位点聚类算法对临近位置的IS进行合并,并聚类; 步骤4、根据聚类结果对克隆平面进行分析,并对优势克隆进行描述; 所述的步骤2中对非特异性扩增造成的IS进行识别的方法是,包括3个步骤: 步骤A、提取所有PCR引物序列,根据引物序列计算出反向互补序列,成为引物序列库S1;根据每个IS的位置提取其前后若干碱基对,形成待匹配的序列库S2;在目标基因组上,随机挑选足够数量的随机位点,形成背景序列库S3; 步骤B、匹配打分,对S2和S3中的每一条序列,分别匹配到引物序列库中的每一条引物序列与其反向互补序列上;在序列和其反向互补序列的匹配结果中,选取所有打分中的最高匹配得分作为该IS与该引物相似度的打分;匹配完成后,S2和S3中的每一条IS均获得了一个相似度得分向量,向量长度与引物的数量相等;对于每一条引物,将S2和S3中的该条引物对应的相似度得分进行排序,将排序得分用百分位进行转换;在转换完成后,每个IS均对应一个百分位得分向量,表示该序列与引物序列的相似度在所有序列中的排名; 步骤C、非特异性扩增的判断;如果不存在非特异性扩增,S2和S3中的序列是完全随机的,对应的相似度排名得分的分布理论上都是均匀分布;而在发生非特异性扩增的情况下,S2中的得分的排序分布会向排名靠前的部位偏倚;通过对步骤B中的每个IS的排名向量进行计算,从而得到步骤B中的每个IS是非特异性扩增性的概率;计算方式为,将每个IS的百分位得分向量进行连乘,如果概率小于某个阈值T,则将该IS标记为非特异性扩增;被标记为非特异性扩增的IS会在以后的分析中去除。
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