东北林业大学滕志霞获国家专利权
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龙图腾网获悉东北林业大学申请的专利基于图注意力的lncRNA功能预测方法、存储介质及设备获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119274661B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411316315.7,技术领域涉及:G16B40/20;该发明授权基于图注意力的lncRNA功能预测方法、存储介质及设备是由滕志霞;李青琪;汪国华设计研发完成,并于2024-09-20向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于图注意力的lncRNA功能预测方法、存储介质及设备在说明书摘要公布了:基于图注意力的lncRNA功能预测方法、存储介质及设备,属于生物信息技术学领域。为了解决现有lncRNA功能预测方法中先验的lncRNA功能注释数据很少,需要借用蛋白质功能注释数据来间接预测lncRNA的功能导致准确率较低的问题。本发明首先运用基于交叉注意力机制的图对比学习方法提取多种lncRNA相似性信息,生成综合相似性矩阵;然后利用知识图谱嵌入模型提取GO图中GO术语的特征,生成GO语义相似性矩阵;最后构建GCN和GAT结合的图表示学习模型学习到lncRNA和GO的特征,采用KAN分类器预测lncRNA的GO功能注释信息。本发明所提出的方法能够有效提升lncRNA功能预测的准确率。
本发明授权基于图注意力的lncRNA功能预测方法、存储介质及设备在权利要求书中公布了:1.一种基于图注意力的lncRNA功能预测方法,其特征在于,包括以下步骤: S1、根据lncRNA的共表达、lncRNA-蛋白质相互作用、lncRNA-miRNA相互作用对应得到三种lncRNA的相似性矩阵SL、SP和SM;分别通过GCN模型和基于交叉注意力机制的图对比学习方法获得lncRNA的嵌入表示zl、zm和zp,基于zl、zm和zp得到lncRNA综合相似性矩阵Ml; S2、基于GOGCN方法中的GO语义相似性计算方法,设计知识图谱嵌入模型学习GO术语的表示;利用术语的表示计算术语之间的语义相似性,得到GO相似性矩阵Mg; S3、基于先验的lncRNA-GO功能注释数据构建训练集及lncRNA-GO关联矩阵; S4、采用GCN和GAT结合的混合图表示学习对lncRNA综合相似性矩阵Ml、GO相似性矩阵Mg进行处理得到lncRNA-GO融合特征;将得到的lncRNA-GO融合特征输入到KAN分类器中获得预测的lncRNA-GO功能注释;具体过程包括以下步骤: S41、将lncRNA综合相似性矩阵Ml、GO相似性矩阵Mg分别输入到GCN中分别得到特征Hl1和Hg1; S42、将Hl1和lncRNA相似性矩阵Ml输入到GAT中得到经过注意力机制优化后的特征Hl2;将Hg1和GO相似性矩阵Mg输入到GAT中得到经过注意力机制优化后的特征Hg2; S43、将Hl2和Ml输入到GCN中得到经过注意力机制优化后的结构信息的再提取特征Hl3;将Hg2和Mg输入到GCN中得到经过注意力机制优化后的结构信息的再提取特征Hg3; S44、将Hl1和Hl3输入到CNN中得到融合特征Xl,将Hg1和Hg3输入到CNN中得到融合特征Xg;根据融合特征Xl和Xg得到预测偏好矩阵U=XlTXg; 使用二元交叉熵损失函数来衡量U和步骤S3得到的lncRNA-GO关联矩阵之间的差异;通过在步骤S3得到的训练集最小化二元交叉熵损失函数,得到最终的lncRNA的特征表示Xl和GO的特征表示Xg; S45、将上述获得的lncRNA特征Xl和GO特征Xg连接起来形成lncRNA-GO融合特征,将其输入到KAN分类器中得到预测的lncRNA-GO功能注释。
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