华南农业大学邓金获国家专利权
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龙图腾网获悉华南农业大学申请的专利一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119479819B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411430702.3,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统是由邓金;蓝俊杰;张勇威;熊俊涛;卓晓灵;叶思曼设计研发完成,并于2024-10-14向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统,该方法包括:获取Fastq测序文件并进行定量分析与数据预处理,得到预处理后的基因表达矩阵;对预处理后的基因表达矩阵进行相似性先验知识与非相似性先验知识提取处理,构建相似性矩阵与非相似性矩阵;根据相似性矩阵与非相似性矩阵构建联合非负矩阵分解模型并进行降维处理,得到公共系数矩阵;进行分层聚类与可视化处理,得到单细胞测序数据聚类结果。本发明通过挖掘多个基因表达矩阵的相似性和非相似性约束以及提高模型提取特征的能力,实现更好的单细胞测序数据聚类效果。本发明作为一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统,可广泛应用于单细胞测序数据聚类技术领域。
本发明授权一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于相似性约束的单细胞测序数据聚类方法,其特征在于,包括以下步骤: 获取Fastq测序文件并进行定量分析与数据预处理,得到预处理后的基因表达矩阵; 对预处理后的基因表达矩阵中的细胞进行欧氏距离计算,构建欧氏距离方阵,所述欧氏距离方阵的维度为细胞数; 对欧氏距离方阵进行转换处理,保留欧氏距离方阵每一行中最小的前n个元素,剩余元素替换为0,得到第一转换后的欧氏距离方阵; 通过高斯核函数对第一转换后的欧氏距离方阵进行映射,得到第一欧氏距离权重值; 通过皮尔森系数对第一转换后的欧氏距离方阵中的细胞进行线性关系计算,得到第一相似性系数; 将第一欧氏距离权重值与第一相似性系数进行相乘计算,得到相似性矩阵,所述相似性矩阵包括第一相似性矩阵与第二相似性矩阵; 对欧氏距离方阵进行转换处理,保留欧氏距离方阵每一行中最大的前n个元素,剩余元素替换为0,得到第二转换后的欧氏距离方阵; 通过1-高斯核函数对第二转换后的欧氏距离方阵进行映射,得到第二欧氏距离权重值; 通过1-皮尔森系数对第二转换后的欧氏距离方阵中的细胞进行线性关系计算,得到第二相似性系数; 将第二欧氏距离权重值与第二相似性系数进行相乘计算,得到非相似性矩阵,所述非相似性矩阵包括第一非相似性矩阵与第二非相似性矩阵; 根据相似性矩阵与非相似性矩阵构建联合非负矩阵分解模型并进行降维处理,得到公共系数矩阵; 对公共系数矩阵进行分层聚类与可视化处理,得到单细胞测序数据聚类结果。
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