大连医科大学董佩佩获国家专利权
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龙图腾网获悉大连医科大学申请的专利一种从中药成分中虚拟筛选sEH抑制剂的方法及应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116884525B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-21发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310780295.8,技术领域涉及:G16C20/50;该发明授权一种从中药成分中虚拟筛选sEH抑制剂的方法及应用是由董佩佩;赵艳艳;贺文韬;郭梦圆;杜雨航;郑少卿设计研发完成,并于2023-06-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种从中药成分中虚拟筛选sEH抑制剂的方法及应用在说明书摘要公布了:本发明公开一种从中药成分中筛选sEH抑制剂的方法及应用,通过构建由1个芳香环中心、2个疏水中心及2个氢键供体共5个药效特征元素组成的药效团模型对中药成分进行虚拟筛选,再经过分子对接筛选和体外sEH活性抑制实验,首次筛选出异甘草素、金合欢素、羟基红花黄色素A、洋蓟素或槲皮万寿菊素具有sEH抑制作用,其IC50范围为13.63μM~37.81μM,Ki值范围为7.612μM~28.05μM,可应用于制备sEH抑制剂。
本发明授权一种从中药成分中虚拟筛选sEH抑制剂的方法及应用在权利要求书中公布了:1.一种从中药成分中虚拟筛选sEH抑制剂的方法,其特征在于按照如下步骤进行: 步骤1.基于药效团模型的虚拟筛选 步骤1.1选取最佳药效团模型 步骤1.1.1选取训练集及预处理 选取结构多样的对sEH有抑制作用的多个小分子化合物作为训练集,用InDraw软件绘制化合物2D结构并存为mol格式,导入DS2020中进行结构优化及加氢预处理; 步骤1.1.2构建初始药效团模型 将经过预处理的训练集导入ConmonFeaturePharmacophoreGeneration模块,根据化合物活性设定Principal和MaxOmitFeat参数:IC50<10nM的化合物Principal参数设为2,MaxOmitFeat参数设为0;其余化合物的Principal和MaxOmitFeat参数均设为1;通过药效团特征元素聚类分析,查询训练集共同药效团特征元素;选择氢键受体、氢键供体、疏水中心、负电荷中心和芳香环中心特征元素,采用Best模式叠合,对每个小分子产生最多255个构象用以表征小分子的构象空间,保留能量值在能量阈值20kcalmol之内的构象;经过计算,产生多个初始药效团模型; 步骤1.1.3选取最佳药效团模型 从BindingDatabase数据库中下载以sEH为靶标的多个阳性化合物和多个阴性化合物构成测试集,分别计算各初始药效团模型的敏感度和特异性及ROC曲线下面积,选取敏感度、特异性及AUC高的初始药效团模型作为最佳药效团模型,所述最佳药效团模型由1个芳香环中心、2个疏水中心及2个氢键供体共5个药效特征元素组成; 步骤1.2基于药效团模型的虚拟筛选 用LigandPharmacophoreMapping模块,MaximumOmittedFeatures参数设置为1,采用柔性匹配的方式,将最佳药效团模型与数据库快速匹配,选取匹配值大于2.0的化合物; 步骤2.分子对接筛选 步骤2.1选择受体及预处理 从PDB数据库下载人sEH晶体结构,分辨率2.94Å,导入DS2020,选择ProteinPrepare模块,进行加氢、去水及补全氨基酸片段的预处理; 步骤2.2定义活性位点 展开预处理后的受体,选中原配体小分子2RU,展开DefineandEditBindingSite,选择FromCurrentSelection,根据原配体小分子定义活性位点,修改活性位点半径为10.25Å,删除2RU; 步骤2.3半柔性分子对接 将经过药效团模型虚拟筛选得到的化合物导入CDOCKER模块,受体选择4OCZ,每个化合物随机产生10个构象,将RMSD阈值设为0.5Å; 步骤2.4非键相互作用的显示与分析 在工具浏览器点击LigandInteractions程序,显示氨基酸非键相互作用;点击Show2DDiagram,生成配体-蛋白相互作用二维平面图,通过观察配体-蛋白相互作用及关键的氨基酸和基团,确定多个候选的sEH靶标化合物; 步骤3.体外sEH酶活性抑制实验 将所获得的多个候选的sEH靶标的化合物经过体外sEH活性抑制实验,选取浓度100μmol抑制率大于50的化合物为sEH靶标化合物。
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