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浙江工业大学周晓根获国家专利权

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龙图腾网获悉浙江工业大学申请的专利一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119694412B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-21发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411174508.3,技术领域涉及:G16B50/00;该发明授权一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法是由周晓根;张子莹;蔡亚贤;张帅;林杰;周淑妤设计研发完成,并于2024-08-26向国家知识产权局提交的专利申请。

一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法在说明书摘要公布了:一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法,首先,构建蛋白质复合物模板数据库和融合模板数据库;然后输入目标蛋白的单链结构,将此结构在复合物模板数据库中搜索全局模板和局部模板,如果搜索出的模板质量较差,则在融合模板库中再次搜索全局模板和局部模板;最后,选择两个数据库中搜索得到的最佳模板作为目标蛋白质的结构类似模板。本发明提供了一种精度较高的蛋白质复合物结构类似模板搜索方法。

本发明授权一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法在权利要求书中公布了:1.一种蛋白质复合物结构类似模板搜索方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: 1输入待搜索的蛋白质复合物各单链结构; 2设置参数:最小单链残基数Nmin,序列相似性系数阈值Sthresholds,结构相似性系数阈值Tthresholds,模板匹配百分比Cpercentage,模板结构相似性阈值Gthresholds; 3构建复合物模板数据库,过程如下: 3.1从PDB数据库中挑出所有蛋白质复合物; 3.2去除每个复合物中残基数小于Nmin的单链; 3.3去除每个复合物中与其它链没有接触的单链; 3.4根据序列相似性Sthresholds采用CD-HIT去除冗余蛋白; 3.5使用USalign去除结构相似性TM-score大于Tthresholds的蛋白质复合物; 3.6再次去除数据库中所有单链结构; 4构建融合模板数据库,过程如下: 4.1从PDB数据库中挑出所有多域蛋白; 4.2根据序列相似性Sthresholds采用CD-HIT去除冗余蛋白; 4.3使用CD-HIT将CATH和SCOPe中与4.2中剩余的蛋白质序列相似性小于Sthresholds的多域蛋白加入数据库; 4.4使用TMalign将PDB、CATH和SCOPe中序列相似性大于Sthresholds但TM-score小于Tthresholds的多域蛋白加入数据库 5采用搜索全局模板和局部模板两种方式,从复合物模板数据库中搜索类似模板;若搜索出来的最好的模板得分Gscore小于Gthresholds,则执行步骤6否则此模板就是最终模板; 6从融合模板数据库中搜索类似模板,并与步骤5中搜索出来的最好模板进行比较,取评分最高的模板作为最终模板。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人浙江工业大学,其通讯地址为:310014 浙江省杭州市拱墅区朝晖六区潮王路18号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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