聊城大学董金新获国家专利权
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龙图腾网获悉聊城大学申请的专利一种检测串联重复区域的方法、装置、设备及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116206680B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-31发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310204987.8,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种检测串联重复区域的方法、装置、设备及存储介质是由董金新;袁甜婷;亓民勇;姜华;贾保先;张童;赵祖耀;周梦娇设计研发完成,并于2023-03-06向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种检测串联重复区域的方法、装置、设备及存储介质在说明书摘要公布了:一种检测串联重复区域的方法、装置、设备及储存介质,其方法包括:从缺失值和N位置处理后的基因组序列中提取读对深度和映射质量;校正GC偏差处理所述读对深度后,与所述映射质量经平滑去噪处理和标准化处理;经分类处理后得到异常点,筛选所述异常点,得到粗糙的串联重复区域;所述粗糙的串联重复区域经分裂读对方法和成对末端映射方法处理,得到细化的串联重复区域。该方法能够消除由于测序误差、映射误差和GC含量偏差等噪声造成的影响,使读对深度和映射质量分布均衡;且能够在低覆盖度和低肿瘤纯度情况下,将串联重复区域做进一步细化,从而获得更高准确度的串联重复区域。
本发明授权一种检测串联重复区域的方法、装置、设备及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种检测串联重复区域的方法,其特征在于,包括: 从缺失值和N位置处理后的基因组序列中提取读对深度和映射质量;缺失值和N位置处理的操作为:用零填充缺失的位置,对N位置采用移除策略; 校正GC偏差处理读对深度后,与映射质量经平滑去噪处理和标准化处理; 校正GC偏差处理读对深度的操作为:计算基因组序列中每个片段的GC分数,并对每个片段中的读对深度进行GC校正,公式为: RD′i表示第i个片段的读对深度的修正值,RDi表示第i个片段的读对深度的原始值,表示所有读对深度的均值,表示与第i个bin的GC分数相似的读对深度平均值; 经分类处理后得到异常点,筛选异常点,得到粗糙的串联重复区域; 得到异常点的操作为:利用K近邻算法处理去噪处理和标准化处理后的读对深度和映射质量,寻找读对深度和映射质量中任意样本点的k个最近邻域,并基于任意样本点和k个最近邻域,计算异常分数,当异常分数大于所有样本点的平均异常分数时,则异常分数对应的样本点为异常点; 筛选异常点的操作为:采用箱线图程序方法筛选异常点,当异常点落在箱线图上限值以上时,作为离群点,统计离群点,得到粗糙的串联重复区域; 粗糙的串联重复区域经分裂读对方法和成对末端映射方法处理,得到细化的串联重复区域;具体为:利用局部对齐算法将Fastq与Fasta进行匹配,如果发生失配现象,失配的位置就是断点,存在分裂读对,并将分裂读对在BAM文件中保存下来;从包含分裂读对的BAM文件中任意选取两个read,分别为R1和R2,将R1和R2与粗糙的串联重复区域进行匹配,当R1和R2中的断点在粗糙的串联重复区域两端中存在与之匹配的断点时,断点所匹配的位置,为粗糙的串联重复区域细化后的始末位置,得到次细化的串联重复区域;将含有末端映射的读对与次细化的串联重复区域进行断点匹配,得到细化的串联重复区域。
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