中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;江西省农业科学院土壤肥料与资源环境研究所岳政府获国家专利权
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龙图腾网获悉中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;江西省农业科学院土壤肥料与资源环境研究所申请的专利一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120412707B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-31发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510370986.X,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法及系统是由岳政府;刘佳;张宜璨;许伟;张静;彭梁;邹雨坤;李勤奋设计研发完成,并于2025-03-27向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法及系统,属于抗性基因检测领域,该方法包括以下步骤:基于宏基因下机reads构建微生物的基因组序列;基于所述微生物的基因组序列进行物种注释和抗性基因识别得到注释后的抗性基因序列;分析所述注释后的抗性基因序列中抗性基因的进化关系,基于所述抗性基因进化关系和抗性基因序列的注释信息监测与预警抗性基因表达的动态变化。本发明实现了从原始数据到抗性基因分布、进化和传播规律的全流程分析,为抗性基因的溯源和风险评估提供了有力的数据支持。
本发明授权一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于宏基因组学的抗性基因检测方法,其特征在于,包括以下步骤: 基于宏基因下机reads构建微生物的基因组序列; 基于所述微生物的基因组序列进行物种注释和抗性基因识别得到注释后的抗性基因序列; 对所述微生物的基因组序列进行物种注释和抗性基因识别的过程包括:对所述微生物的基因组序列进行微生物域归属注释得到物种注释结果;对经过微生物域归属注释的微生物的基因组序列进行开放阅读框预测得到预测基因;采用抗性基因库对所述预测基因进行基因注释得到不同微生物域归属的抗性基因集;将cleanreads比对到不同微生物域归属的抗性基因集得到不同微生物域归属的抗性基因的丰度结果; 分析所述注释后的抗性基因序列中抗性基因的进化关系,基于所述抗性基因进化关系和抗性基因序列的注释信息监测与预警抗性基因表达的动态变化; 对所述注释后的抗性基因序列中抗性基因进行进化关系分析的过程包括:基于所述注释后的抗性基因序列得到不同基因家族和变异体的序列数据;利用多序列对比算法对所述序列数据进行对比分析得到对比结果;基于所述对比结果计算不同基因序列之间的进化距离,并构建距离矩阵;基于所述距离矩阵构建系统发育树;基于所述系统发育树进行可靠性评估得到进化关系的置信度; 监测与预警抗性基因表达的动态变化的过程包括:基于抗性基因的注释信息和进化关系置信度构建抗性基因数据集;提取所述抗性基因数据集的特征向量得到抗性基因特征矩阵;基于频繁模式挖掘算法对抗性基因特征矩阵进行分析得到抗性基因在不同环境下的频繁共现模式;基于所述频繁共现模式采用关联规则挖掘算法挖掘抗性基因之间的关联规则得到抗性基因的分布特征;基于所述抗性基因的分布特征确定抗性基因在不同环境下的分布趋势;基于所述抗性基因的分布特征和抗性基因在不同环境下的分布趋势确定抗性基因的动态表达。
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