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南京大学杨江华获国家专利权

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龙图腾网获悉南京大学申请的专利一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116144785B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-04发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211175107.0,技术领域涉及:C12Q1/6888;该发明授权一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法是由杨江华;钱林皓;张效伟设计研发完成,并于2022-09-26向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法,属于鱼类多样性研究领域。该方法在现有技术基础上,在DNA提取步骤中加入转化了单拷贝质粒的大肠杆菌,通过单拷贝质粒的提取效率来校正DNA提取的误差,使获得的样品中DNA拷贝数更加准确;在PCR扩增步骤中加入梯度参照物,扩增后测序获得梯度参照物的reads数,拟合得到DNA拷贝数与reads数之间的线性斜率,结合测序获得的样品DNA的reads数,计算样品中DNA拷贝数。通过DNA提取、PCR扩增和测序的联合校正,弥补了现有方法中未考虑DNA提取过程和PCR过程误差的不足,可以使得测序数据更好地反映鱼类的绝对丰度,具有大规模推广应用的潜力。

本发明授权一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法在权利要求书中公布了:1.一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤: 1提取样品DNA获得DNA提取物,在提取时加入已知拷贝数的参照物DNA,提取完成后检测DNA提取物中参照物DNA的拷贝数;所述加入已知拷贝数的参照物DNA是通过加入已知菌体浓度的大肠杆菌进行,所述大肠杆菌转化了包含目的基因片段A的单拷贝质粒,所述目的基因片段A包括可以进行qPCR的特异性片段;所述检测DNA提取物中参照物DNA的拷贝数包括通过检测提取后单拷贝质粒的拷贝数确定,单拷贝质粒的拷贝数通过qPCR技术检测单拷贝质粒中目的基因片段A的拷贝数确定; 2PCR扩增,以步骤1中的DNA提取物为模板,利用鱼类12S通用引物进行扩增;在步骤2中,PCR扩增过程中加入不同浓度的三种内标DNA片段混合物,所述三种内标DNA片段两端相同且均为鱼类通用引物设计区,不同在于三种内标DNA片段包括在上述鱼类通用引物设计区相同位置插入12~20bp的长短相同但序列不同的随机序列,上述位置位于PCR扩增中设计的鱼类12S通用引物序列之间; 3PCR扩增结果测序,对步骤2中PCR扩增结果进行纯化、建库、测序,获得原始reads数;测序后可以通过随机序列识别三种内标DNA片段,获得三种内标DNA片段reads数; 4联合运用DNA提取过程和PCR过程校正获得拷贝数 DNA提取效率校正,包括如下方法: a根据以下的公式计算样品的DNA提取效率: η=D提取后÷D0 其中,η——某个样品的DNA提取效率;D提取后——提取完成后DNA提取物中参照物DNA的拷贝数,D0——DNA提取时加入样品中的参照物DNA的拷贝数; PCR扩增和测序过程校正,包括如下方法: a汇总各个样品在步骤2PCR扩增中加入的三种内标DNA片段的reads数,与它们初始添加的拷贝数进行线性拟合,得到拟合斜率slope; 联合运用DNA提取过程和PCR过程校正,包括如下方法: η=D提取后÷D0 C=R0÷slope×η 其中,C——某样品进行联合校正后的拷贝数;R0——该样品的原始reads数,slope——该样品中的标准质粒线性拟合得到的斜率;η——该样品的DNA提取效率;D提取后——提取完成后DNA提取物中参照物DNA的拷贝数,D0——DNA提取时加入样品中的参照物DNA的拷贝数。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人南京大学,其通讯地址为:210093 江苏省南京市鼓楼区汉口路22号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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