广东省农业科学院水稻研究所聂帅获国家专利权
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龙图腾网获悉广东省农业科学院水稻研究所申请的专利一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120356523B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-07发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510433196.1,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法是由聂帅;赵均良;陈建松;秦碧霞;刘琦;李战彪;胡海飞;王健;王润凤设计研发完成,并于2025-04-08向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法,包括:1获取SRBSDV病毒的基因组组装和基因注释文件,及水稻感染病毒组织的高通量转录组测序原始数据;2构建SRBSDV病毒基因组索引模块;3获取SRBSDV病毒基因组注释文件中每个基因的非冗余长度;4获取高质量的转录组测序数据;5获取步骤4中每个样本的短读长总数;6获取个体水平的BAM文件;7获取每个样本中病毒不同基因的原始表达量;8获取基因表达量标准化函数FPKB。本发明借助于标准化的生物信息学分析框架,能够更准确地评估病毒的感染水平;且能够挖掘更多的病毒学信息,实现数据利用的最大化,为病毒研究和防控提供支持,提高了病毒定量的准确性。
本发明授权一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法在权利要求书中公布了:1.一种基于水稻被感染组织转录组测序的SRBSDV的定量方法,其特征在于,包括如下步骤: 1获取SRBSDV病毒的基因组组装和基因注释文件,及水稻感染病毒组织的高通量转录组测序原始数据; 2构建SRBSDV病毒基因组索引模块; 3获取SRBSDV病毒基因组注释文件中每个基因的非冗余长度; 4对高通量转录组测序原始数据进行处理,获取高质量的转录组测序数据; 5获取高质量的转录组测序数据中每个样本的短读长总数; 6基于SRBSDV病毒基因组索引模块,高质量的转录组测序数据与SRBSDV病毒基因组进行比对,获取个体水平的BAM文件; 7基于BAM文件及SRBSDV病毒基因组注释文件gtf格式,比对到病毒基因区域中的短读长片段总和,获取每个样本中病毒不同基因的原始表达量; 8获取新的基因表达量标准化函数FPKB,用于标准化原始表达量; 步骤8具体为:用每个个体中所有高质量测序数据的短读长总数作为测序文库大小的衡量标准; 一个基因表达量标准化函数FPKB=totalgenefragmentscount基因片段总数totalsequencedpairedreadscount成对测序短读长总数Billion十亿*genelength基因长度KB; 其中totalgenefragmentscount为步骤7所得, totalsequencedpairedreadscount为步骤5所得, genelength为步骤3所得。
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