暨南大学;广东省科学院微生物研究所(广东省微生物分析检测中心)丁郁获国家专利权
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龙图腾网获悉暨南大学;广东省科学院微生物研究所(广东省微生物分析检测中心)申请的专利一种基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118366543B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-11发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410640312.2,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法是由丁郁;谢纪航;赵一冰;王涓;吴清平;尚玉婷;汪智;王峥峥;余树波;王彦涛;薛亮设计研发完成,并于2024-05-22向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法。包括原始cgcMLST特征基因组集的构建、获取有效cgcMLST特征基因、获取有效cgcMLST特征基因组合、获取细菌样本全基因组信息、评价基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法的分辨率。本发明相比现有技术实现具有以下特点:实现对蜡样芽孢杆菌类群cgcMLST分辨率的评估,验证cgcMLST能对蜡样芽孢杆菌类群有效分型,解决现有MLST对亲缘关系近的蜡样芽孢杆菌类群菌株分型较差的问题。在分析198个实际样品时,较rMLST效率提升约99.17%,能够更有效的鉴定蜡样芽孢杆菌类群菌株,对食品安全和公共卫生工作至关重要。
本发明授权一种基于cgcMLST的蜡样芽孢杆菌类群新型分型方法在权利要求书中公布了:1.一种筛选区分蜡样芽孢杆菌类群菌的cgcMLST特征基因组合的方法,其特征在于,包括以下步骤: S1.原始cgcMLST特征基因组集的构建:获取蜡样芽孢杆菌类群全基因组数据并进行筛选和真实种属身份评估; S2.获取有效cgcMLST特征基因:对身份信息真实确证的蜡样芽孢杆菌类群进行分组,每组进行泛基因组分析,设定阈值为95%-99%将泛基因组分析中基因的缺失和存在情况转化为矩阵,通过矩阵对差异基因进行挖掘和筛选,选取在阈值处可分开的核心基因为潜在的候选特征基因;根据步骤S1中确定真实种属身份的菌株信息评价候选特征基因对分组中每组菌种的分型鉴定效果,系统发育的最大似然树聚类结果与真实身份一致,则证明特征基因有效; S3.获取有效cgcMLST特征基因组合:将每组评估有效的特征基因进行组合,将蜡样芽孢杆菌类群不同种细菌的特征基因的核苷酸序列文件比对、对齐和串联,确定最优划分方案和最优进化模型,构建系统发育的最大似然树,根据步骤S1中确定真实种属身份的菌株信息,评估cgcMLST特征基因组合对蜡样芽孢杆菌类群菌株鉴定结果,系统发育的最大似然树聚类结果与真实种属身份一致,则证明cgcMLST特征基因组合有效。
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