哈尔滨工业大学(深圳)(哈尔滨工业大学深圳科技创新研究院)李君一获国家专利权
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龙图腾网获悉哈尔滨工业大学(深圳)(哈尔滨工业大学深圳科技创新研究院)申请的专利一种空间转录组基因表达预测方法、系统及终端获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119943145B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-11发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411787192.5,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权一种空间转录组基因表达预测方法、系统及终端是由李君一;王旭;王亚丘;施少怀;王轩设计研发完成,并于2024-12-06向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种空间转录组基因表达预测方法、系统及终端在说明书摘要公布了:本发明公开了一种空间转录组基因表达预测方法、系统及终端,所述方法包括:对基因表达预测模型进行训练,得到目标基因表达预测模型;获取待预测的目标组织学图像,对目标组织学图像进行预处理,得到预处理后图像,按照捕获位点的坐标将所述预处理后图像分割成多个子图像块,将多个子图像块分别输入到目标基因表达预测模型中进行特征提取,得到每个子图像块各自对应的目标图像特征,根据多个目标图像特征进行基因表达预测,得到目标基因表达结果。本发明将预测任务看作是不同模态数据之间的相互学习:建立模型学习两种特征之间潜在关联,最后使用预测模块通过一种特征预测出另一种模态的特征,能够高精度的完成基因表达预测任务。
本发明授权一种空间转录组基因表达预测方法、系统及终端在权利要求书中公布了:1.一种空间转录组基因表达预测方法,其特征在于,所述的空间转录组基因表达预测方法包括: 构建基因表达预测模型,对所述基因表达预测模型进行训练,得到目标基因表达预测模型; 获取待预测的目标组织学图像,对所述目标组织学图像进行预处理,得到预处理后图像,按照捕获位点的坐标将所述预处理后图像分割成多个子图像块,其中,每个所述子图像块包含一个捕获位点; 将多个所述子图像块分别输入到所述目标基因表达预测模型中进行特征提取,得到每个所述子图像块各自对应的目标图像特征,根据多个所述目标图像特征进行基因表达预测,得到目标基因表达结果; 所述对所述基因表达预测模型进行训练,得到目标基因表达预测模型,具体包括: 根据空间转录组数据中捕获位点的坐标对训练集中的训练样本进行分割,得到多个像素块; 将多个所述像素块和对应的真实基因表达信息分别输入到图像特征提取模块和基因特征提取模块进行特征提取,得到图像特征和基因特征; 将所述图像特征通过投影模块投影到预测模块进行计算,得到预测基因表达结果; 根据所述图像特征、所述基因特征、所述预测基因表达结果与所述真实基因表达信息计算出总损失函数; 根据所述总损失函数设置反向传播梯度,根据所述反向传播梯度,基于反向传播算法,调整所述基因表达预测模型的网络超参数,并基于测试集进行模型的评估; 基于调整后的网络参数继续对所述基因表达预测模型进行训练,直至所述总损失函数达到预设的收敛条件时,得到训练后基因表达预测模型; 使用验证集对训练后基因表达预测模型的预测结果进行判断,若所述预测结果与所述验证集中标签的误差低于预设阈值,则得到所述目标基因表达预测模型; 所述根据所述图像特征、所述基因特征、所述预测基因表达结果与所述真实基因表达信息计算出总损失函数,具体包括: 根据所述图像特征、所述基因特征、所述预测基因表达结果与所述真实基因表达信息计算出对比损失和MSE损失: 其中,Lcon表示对比损失,zci表示第i个像素块的图像特征,zgi表示第i个像素块对应的基因特征,Xi表示第i个像素块对应的捕获位点的真实基因表达信息Xi,hci表示第i个像素块对应的捕获位点的预测基因表达结果;LMSE表示MSE损失,i表示像素块或者素块对应的捕获位点的索引,q表示基因的总数; 根据所述对比损失和所述MSE损失计算出总损失函数L: L=Lcon+LMSE。
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