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龙图腾网获悉山东大学;山东省食品药品检验研究院申请的专利一种小分子跨膜渗透自由能计算方法和数据集建立方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120708735B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-11发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202511120673.5，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权一种小分子跨膜渗透自由能计算方法和数据集建立方法是由王文心;蒋绪恺;徐玉文;黄伯世;刘新泳;宋宇扬设计研发完成，并于2025-08-12向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种小分子跨膜渗透自由能计算方法和数据集建立方法在说明书摘要公布了：本发明提供了一种小分子跨膜渗透自由能计算方法和数据集建立方法，属于自由能计算技术领域。所述小分子跨膜渗透自由能计算方法通过分子键网络算法对小分子进行粗粒化参数化处理，构建水‑膜体系，并利用分子动力学模拟软件进行拉伸动力学模拟和伞状采样模拟，从而得到化合物渗透跨膜过程的自由能变化曲线与水‑膜分配自由能。不仅显著节约了实验时间，还能够生成大批量、高质量的跨膜渗透能力数据。所述小分子跨膜渗透自由能数据集建立方法，通过化学特征空间进行分子的筛选，使得数据集适用范围广、代表性强。使用该数据集训练的药物跨膜自由能预测模型能够更准确地预测药物的跨膜能力，为药物研发提供科学依据。

本发明授权一种小分子跨膜渗透自由能计算方法和数据集建立方法在权利要求书中公布了：1.一种小分子跨膜渗透自由能计算方法，其特征在于，包括以下步骤： 获取目标小分子的SMILES格式描述； 采用基于图的分子键网络算法对分子进行粗粒化参数化处理，生成粗粒化分子模型； 构建粗粒化水-膜体系，并将粗粒化分子模型与水-膜体系动态组装，将分子定位至预设位置； 执行拉伸动力学模拟，以质心牵引方式拉动小分子跨膜，生成跨膜反应坐标轨迹； 沿反应坐标轨迹按固定间距抽取采样窗口，进行伞状采样模拟； 采用WHAM算法对伞状采样结果进行加权直方分析，输出跨膜自由能变化曲线及水-膜分配自由能； 所述分子键网络算法包括： 将原子映射至粗粒化珠子； 参数化原子间非键相互作用； 参数化原子间成键相互作用； 基于MMFF94力场生成分子初始三维结构并优化； 根据原子-珠子映射生成分子的结构和参数文件； 所述动态组装包括： 定义小分子模拟盒子与中心； 将小分子插入膜体系上方1nm处并替换该位置的水分子； 计算被替换水分子数量，并添加0.1MNaCl溶液； 进行能量优化及多阶段平衡模拟。

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