中国人民解放军陆军军医大学万瑛获国家专利权
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龙图腾网获悉中国人民解放军陆军军医大学申请的专利一种基于高通量测序对TCR β进行定量的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114561454B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-14发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210222259.5,技术领域涉及:C12Q1/6869;该发明授权一种基于高通量测序对TCR β进行定量的方法是由万瑛;倪青山;于海礼;韩清娟;邹丽云;曾聪;黄毅;陈钢设计研发完成,并于2022-03-03向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于高通量测序对TCR β进行定量的方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于高通量测序对TCRβ进行定量的方法,包括如下步骤:使用Trizol裂解样本,在裂解样本中加入外参细胞裂解液;提取样本和外参细胞的总RNA;利用TCRβ的C端特异性引物进行反转录;在反转录产物中加入模板;使用一组优化了序列组成和使用浓度的多重PCR引物构建TCRβ的高通量测序文库,并进行测序;利用2轮外参数据对样本中的TCRβ进行定量。本发明通过加入外参细胞,可对样本的T细胞总数进行有效估计;通过使用优化了序列组成和使用浓度的多重PCR引物,可更好的减少多重引物相互之间的干扰和扩增偏倚;通过加入模板,可帮助TCR高通量测序数据的校正和标准化,最后获得精准而真实的TCRβ库分布。
本发明授权一种基于高通量测序对TCR β进行定量的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于高通量测序对TCRβ进行定量的方法,其特征在于,包括如下步骤: 1使用Trizol裂解样本,在裂解样本中加入固定数目的外参细胞裂解液;所述外参细胞为2B4杂交瘤细胞; 2提取样本和外参细胞的总RNA; 3利用TCRβ的C端特异性引物进行反转录; 4在反转录产物中加入固定数目的模板,所述模板有23条,序列如SEQIDNO.26-48所示,所述模板序列由V基因、3个长度为6的分子条形码、D基因、J基因和C基因构成; 5使用一组优化了序列组成和使用浓度的多重PCR引物构建TCRβ的高通量测序文库;所述多重PCR引物的序列如SEQIDNO.3-25所示,SEQIDNO.3-25序列添有高通量测序接头,反向序列如SEQIDNO.2所示; 6使用高通量测序平台进行测序; 7利用2轮外参数据对样本中的TCRβ进行定量,定量方法包括如下步骤: a利用加入的模板序列分析扩增偏倚规律:利用分子条形码统计含有不同V基因的模板序列的测序reads数目,利用模板数目考察在混入样本后模板序列的扩增偏倚规律,计算扩增偏倚指数,扩增偏倚指数计算公式如下: i=1…23,n=23,CountVi为测序得到的模板序列Vi的数目;若Ns为CDR3序列s的频数,Vi为s的V基因类型,则其校正后的频数N's=Ns×ABIVi; b校正碱基突变偏倚引起的序列错误:采用Dayhoff方法构建替代矩阵,用于计算TCRβ的互补决定区3序列间的相似性,以校正测序过程中产生的错误,具体步骤为:将得到的替代矩阵作为双序列比对的参数,计算序列间的相似性得分,确定原始序列与错误序列间的相似性阈值,以此阈值为依据将低频错误序列合并到高频序列中,实现测序错误校正; c利用外参细胞对样本测序数据进行标准化:假设加入外参细胞数目为n,测得的reads数目为m,而某一CDR3的reads数目为k,则标准化后,这一CDR3所对应的细胞的数目p为 ; d对样本中的TCRβ进行精确定量。
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