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龙图腾网获悉深圳大学申请的专利一种增强采样的分子动力学模拟方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN119360946B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-14发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202411369268.2，技术领域涉及：G16B15/20；该发明授权一种增强采样的分子动力学模拟方法是由李文金设计研发完成，并于2024-09-29向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种增强采样的分子动力学模拟方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种增强采样的分子动力学模拟方法，属于分子模拟技术领域，具体步骤包括S1、定义反应坐标；S2、结合态到遭遇态；S3、确定对蛋白和或配体构象之间的限制；S4、遭遇态到解离态；S5、结果分析；在运用伞形采样获取蛋白‑配体结合自由能时，本发明提出将蛋白‑配体结合过程分成两部分，即从解离态到遭遇态，再从遭遇态到结合态；采用通用反应坐标，不对蛋白‑配体相对位置施加限制，并采用多个按次序完成的伞形采样对蛋白‑配体概率高的结合路径进行采样；本发明提供了一种能够快速准确且高自动化地计算柔性蛋白‑柔性配体结合自由能以及真实结合解离路径的分子动力学方法。

本发明授权一种增强采样的分子动力学模拟方法在权利要求书中公布了：1.一种增强采样的分子动力学模拟方法，其特征在于，具体步骤包括： S1、定义反应坐标：对蛋白-配体复合物进行中等长度的常规分子动力学模拟，基于所得轨迹确定结合界面上的氨基酸，所述氨基酸到配体的距离小于特定数值时，选取结合界面上的氨基酸和配体的质心之间的距离和或蛋白-配体的天然接触作为反应坐标； S2、结合态到遭遇态：用天然接触作为反应坐标运行多个中等长度的伞形采样，当检测到配体基本离开蛋白时，停止采样； S3、确定对蛋白和或配体构象之间的限制：分析上一步中配体离开蛋白的路径，确定主要遭遇复合物的结构； 所述步骤S3中将配体结构限制在所述配体与蛋白结合的构象附近，通过分析上一步中等长度的模拟中配体构象变化来确定RMSD限制的阈值，将配体解离轨迹投射到步骤S3中所得配体的二维自由能面上，通过比较不同解离路径确定遭遇复合物中配体构象的位置，从而确定对配体片段构象限制的范围； S4、遭遇态到解离态：基于上一步所得对蛋白和配体分别添加的RMSD限制，用质心距离作为反应坐标运行多个中等长度的伞形采样； S5、结果分析：基于蛋白配体结合过程的伞形采样模拟，结合对蛋白-复合物以及蛋白或配体单独体系的模拟结果，通过主成分分析和统计物理原理，构建多维自由能面，从而获得蛋白配体结合自由能和结合解离路径。

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