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武汉工程大学;中国人民解放军海军工程大学郑晓颖获国家专利权

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龙图腾网获悉武汉工程大学;中国人民解放军海军工程大学申请的专利一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119724358B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411787394.X,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法是由郑晓颖;张伟;吴晶;申娟;李真龙设计研发完成,并于2024-12-06向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法在说明书摘要公布了:本发明属于单细胞数据分析技术领域,具体涉及一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法。包括S1:预处理单细胞转录数据集,得到单细胞基因表达矩阵;S2:构建优化模型,构建单细胞连通网络,进行细胞群识别;S3:结合细胞的Morse函数分布和等价类定义,提取单细胞Reeb图;S4:结合Morse函数最值,识别Reeb图中的关键节点,推断细胞分化的中间阶段和始末状态,度量细胞在网络和等价类中的距离影响,识别细胞伪轨迹。本发明基于细胞连通网络的拓扑结构Reeb图,提取细胞在多方向的分化轨迹。算法框架可以将细胞网络转化为等价节点较少的Reeb图,降低了计算复杂度;与完全依赖于先验信息的初始时间确定相比,提供了莫尔斯函数的性质来确定细胞分化关键状态。

本发明授权一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法在权利要求书中公布了:1.一种基于Reeb图的单细胞伪轨迹拓扑识别方法,其特征在于:包括: S1:预处理单细胞转录数据集,得到单细胞基因表达矩阵; S2:基于S1的单细胞基因表达矩阵,构建优化模型,进一步构建单细胞连通网络,进行细胞群识别; S2.1:构建优化模型: ; 其中,A对应单细胞连通网络的邻接矩阵,X为单细胞基因表达矩阵,是核范数,是所有列的欧氏范数之和,非负参数用于平衡核范数和欧氏范数;线性约束ATy=y保持数据平移变换的不变性,y是长度为n的向量,表示第i个细胞和第j个细胞不是近邻结构; 采用交替方向乘子法ADMM求解S2.1的优化模型,采用K-近邻算法KNN确定细胞的近邻网络G,K的选择基于BIC原则;约定Aopt中非零值为1,得到0-1单细胞相似网络Aopt; S2.2:基于S2.1的相似网络Aopt,构建单细胞连通网,进行细胞群识别: ; 通过最大值法将0-1单细胞相似网络Aopt转换为单细胞对称网络Z,是L按大小排列顺序的第l个特征值,p为相邻两个特征值的最大绝对值差所对应的下标,用于识别细胞群数目,结合谱聚类算法识别获得p个细胞群,即C1,C2,…Cp;当Z为非连通网络时,dis表示欧式距离函数,分别表示u类细胞群中的第i个细胞和v类细胞群中的第j个细胞,计算细胞群中细胞之间最小的欧式距离对应的两个细胞,其中分别为在整个网络对应的细胞顺序,由此将Z逐步更新为单细胞连通网络;对于两个细胞群中存在连边的情况,则两个细胞群间存在连边,进一步得到细胞群与细胞群之间的细胞群连通网络CC; S3:在S2的基础上,结合细胞的Morse函数分布和等价类定义,提取单细胞Reeb图; S4:在S3的基础上,结合Morse函数最值,识别Reeb图中的关键节点,推断细胞分化的中间阶段和始末状态,度量细胞在网络和等价类中的距离影响,识别细胞伪轨迹。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人武汉工程大学;中国人民解放军海军工程大学,其通讯地址为:430205 湖北省武汉市东湖新技术开发区光谷一路206号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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