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龙图腾网获悉国科温州研究院(温州生物材料与工程研究所)申请的专利基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120727089B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-21发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202511211222.2，技术领域涉及：G16B20/00；该发明授权基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法是由晏致强;曹滢;李宇晴;梁进设计研发完成，并于2025-08-28向国家知识产权局提交的专利申请。

本基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法在说明书摘要公布了：一种基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法，涉及蛋白质设计领域，其包括以下步骤：S1、对每种MHCII分子的等位基因及其对应结合肽的bindingcore序列提取其进化信息特征，S2、建立基于卷积模块与Transformer模块融合的神经网络模型，将S11和S12中提取的两种频率特征张量作为双输入，最终得到的是每条序列的各个位置的20种氨基酸的概率分布，S3、根据神经网络模型的输出结果，按照概率进行随机采样，生成满足目标分布的MHCII‑peptide的bindingcore序列。引入序列位置氨基酸频率一阶保守性分析与氨基酸对的联合频率二阶保守性分析等进化信息设计新的短肽序列这一方法解决了短肽无法基于结构设计的难题，提供了基于进化信息设计短肽序列的可靠性。

本发明授权基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法在权利要求书中公布了：1.一种基于进化信息与Transformer神经网络算法的MHCll结合肽的设计方法，其特征在于：其包括以下步骤： S1、获取不同种类的主要组织相容性复合体II类分子MHCII与肽peptide的结合核心bindingcore的数据集，对每种MHCII分子的等位基因及其对应结合肽的bindingcore序列提取其进化信息特征，其包括： S11、计算序列中单位点氨基酸频率fia，生成二维位置氨基酸频率张量F，F∈R9×20，其中fia表示在结合核心的第i个位置，氨基酸类型a对应20种标准氨基酸的出现频率，i=1,…,9，a=1,…,20； S12、计算序列中氨基酸对联合频率fijab，生成四维氨基酸对联合频率张量T，T∈R9×20×9×20，其中fijab表示在结合核心的第i个位置为氨基酸类型a与第j个位置为氨基酸类型b的共现频率； S2、建立基于卷积模块与Transformer模块融合的神经网络模型，将S11和S12中提取的两种频率特征张量作为双输入； S21、分别将二维张量F和四维张量T进行卷积操作，提取卷积特征，并将得到的卷积特征沿特征维度连接起来，进行特征融合； S22、将S21融合后的数据输入到深度学习模型的Transformer模块中提取数据特征，通过自注意力机制提取全局依赖关系； S23、经由Transformer模块特征提取后进行一维的卷积，将数据映射到输出的维度； S24、加入Softmax函数，保证输出结果的最后一个维度为概率，最终得到的是每条序列的各个位置的20种氨基酸的概率Pia，生成了概率分布张量P∈RN×9×20，其中N是生成序列的数量； S3、根据神经网络模型的输出结果，按照概率进行随机采样，生成满足目标分布的MHCII-peptide的bindingcore序列。

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