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龙图腾网获悉中国石油大学(华东)申请的专利通过三层优化加速蛋白质-配体口袋预测和对接方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120581103B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-28发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510682581.X，技术领域涉及：G16C20/50；该发明授权通过三层优化加速蛋白质-配体口袋预测和对接方法是由王珣;宋弢;夏富垠设计研发完成，并于2025-05-26向国家知识产权局提交的专利申请。

本通过三层优化加速蛋白质-配体口袋预测和对接方法在说明书摘要公布了：本发明属于计算机应用技术领域，特别涉及通过三层优化加速蛋白质‑配体口袋预测和对接方法。该方法中，数据处理层通过算子空间重构和细粒度任务并行，实现计算与通信的高效重叠，最大化单卡推理吞吐量；模型优化层通过离线特征分析和动态策略匹配，进行多维度分析，最大化计算效率，减少数据搬运开销；计算加速层通过张量布局重构、异构偏置融合和算子融合，提升GPU的单指令多数据并行性；算子融合通过线性投影融合、注意力计算融合和输出融合，提高运算效率，降低内核启动开销。该方法解决了现有技术中存在的模型整体计算效率低的问题以及注意力机制显存瓶颈的问题。

本发明授权通过三层优化加速蛋白质-配体口袋预测和对接方法在权利要求书中公布了：1.通过三层优化加速蛋白质-配体口袋预测和对接方法，其特征在于，包括三级优化策略，具体包括以下内容： 1数据处理层，包括算子空间重构和细粒度任务并行，其中，算子空间重构通过分析相邻线性层的计算依赖，将无数据依赖的多个线性变换的权重矩阵沿输出维度拼接，合并为单次大规模矩阵运算；细粒度任务并行通过深度挖掘计算节点间的数据依赖关系，结合CUDA流调度与内存访问优化技术，实现计算与通信的高效重叠，最大化单卡推理吞吐量； 2模型优化层，包括离线特征分析和动态策略匹配，其中，离线特征分析通过计算强度、激活稀疏性以及数值敏感度来对FABind模型中的多层感知机模块进行多维度分析；动态策略匹配通过高精度敏感型模块、计算密集型模块和内存密集型模块，最大化计算效率，提升计算吞吐量并确保数值稳定性以及跳过零值元素的计算和内存访问，减少数据搬运开销； 3计算加速层，包括张量布局重构、异构偏置融合和算子融合，其中，张量布局重构重新定义注意力机制中查询Q、键K、值V的四维张量布局，在投影阶段直接生成目标布局；异构偏置融合针对序列掩码和结构偏置的数值差异，通过一维卷积将两类偏置压缩到低维空间，动态调整权重实现融合，提升GPU的单指令多数据并行性；算子融合通过线性投影融合、注意力计算融合和输出融合，提高运算效率，降低内核启动开销。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术，可联系本专利的申请人或专利权人中国石油大学(华东)，其通讯地址为：266400 山东省青岛市黄岛区长江西路66号；或者联系龙图腾网官方客服，联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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