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北京航空航天大学邓岳获国家专利权

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龙图腾网获悉北京航空航天大学申请的专利联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统及方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116312818B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-05发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310131662.1,技术领域涉及:G16B50/00;该发明授权联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统及方法是由邓岳;李凤基设计研发完成,并于2023-02-18向国家知识产权局提交的专利申请。

联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统及方法在说明书摘要公布了:本发明公开了联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统及方法,该系统包括:蛋白可逆生成模块、隐空间解耦模块、知识驱动序列评估模块和互补决定区动态对接模块;本发明所提出的抗体从头设计方案主要的工作场景为靶点信息驱动的抗体生成。在确定致病蛋白、明晰致病机理后,需设计抗体与目标蛋白结合以阻断其发挥功能或促使其降解,可以使用本发明进行速度快、高可信度的抗体生成。该设计系统通过流生成模型生成具有生物活性的蛋白质,使用全局知识和局域靶点结构双驱动方案以具有特定功能蛋白为目标进行优化,利用解耦模块实现互补决定区的动态扰动进一步加速对接过程,综合优化了抗体的从头设计过程。

本发明授权联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统及方法在权利要求书中公布了:1.联合靶点知识与局域动态结构的抗体从头设计系统,其特征在于,包括:蛋白可逆生成模块、隐空间解耦模块、知识驱动序列评估模块和互补决定区动态对接模块; 其中,所述蛋白可逆生成模块,采用基于流的深度生成模型进行构建,从标准高斯分布的隐空间编码中采样,通过可逆神经网络得到蛋白质的序列与主干结构;所述隐空间编码包括两部分;一部分为与互补决定区动态信息相关的结构解耦编码;另一部分为与蛋白质整体序列和结构信息相关的非解耦隐变量空间; 所述隐空间解耦模块,用于修改基于流的深度生成模型所生成的蛋白质结构,使用流动性参数编码互补决定区的扰动程度,经过多层感知机网络映射实现解耦后通过仿射注入层引入到流模型主干网络中; 所述知识驱动序列评估模块,采用已有的知识图谱编码方式,对所述蛋白可逆生成模块输出的蛋白质序列进行功能评估; 所述互补决定区动态对接模块,用于输入所述蛋白可逆生成模块生成的的蛋白质序列和主干结构,通过刚性对接软件与靶点进行对接,输出抗体的亲和力指标; 蛋白质分子动力学模拟模块,使用分子动力学模拟软件对抗体蛋白进行运算,控制互补决定区外氨基酸构象不变;允许互补决定区内部氨基酸残基在分子力场作用下自由扰动,模拟蛋白质流动性,并将生成的数据与流动的参数作为蛋白质可逆生成模块的训练数据和隐空间解耦模块的标签; 其中:所述隐空间解耦模块,具体采用类似StyleGAN的解耦设置,将隐空间的部分变量作为互补决定区流动性参数,在训练时与所述蛋白质分子动力学模拟模块给出的互补决定区氨基酸残基角度信息进行约束; 所述知识驱动序列评估模块,具有用于以蛋白可逆生成模块生成得到的蛋白质序列作为输入,将蛋白质功能预测视作多标签分类问题;功能预测过程使用基于知识图谱预训练的蛋白质功能预测器,通过知识图谱大规模与预训练,捕获蛋白质全功能空间中序列与功能的联系,实现对蛋白质序列进行功能评估。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人北京航空航天大学,其通讯地址为:100191 北京市海淀区学院路37号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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