国科温州研究院(温州生物材料与工程研究所)卢雨儿获国家专利权
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龙图腾网获悉国科温州研究院(温州生物材料与工程研究所)申请的专利单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法及计算机系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114613433B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210279806.3,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法及计算机系统是由卢雨儿;林海;胡桓;戚德振;刘东东;杨国钰;邱野;帅建伟设计研发完成,并于2022-03-21向国家知识产权局提交的专利申请。
本单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法及计算机系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法及计算机系统,其包括:1计算基因显式比较优势矩阵;2利用相似度得到基因相识度矩阵,构建基因网络;3在基因网络中取初始节点,并从初始节点开始随机行走,记录走过的每一个基因,形成由基因序列构成的基因文本;4将基因文本转换成基因的词向量;5将单细胞表达的基因矢量以表达量为权重加和,形成的和矢量作为该单细胞在基因空间中的词向量表示;6将所有的细胞的矢量表示进行可视化处理,得到胚胎细胞发育伪时间轨迹结果。本发明为鉴别组织中不同的稀有细胞亚型和不同细胞亚型的变异基因提供分析基础,在肿瘤、发育生物学、生命科学等领域有广泛重要的应用前景。
本发明授权单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法及计算机系统在权利要求书中公布了:1.一种单细胞转录组数据伪时间轨迹的分析方法,其特征在于:其包括以下步骤: 1利用单细胞转录组测序矩阵,计算基因显式比较优势矩阵; 2获得基因显式比较优势矩阵之后,计算基因与基因之间的相似度,并得到基因相似度矩阵,并根据相似度,构建基因网络; 3在基因网络中取初始节点,并从初始节点开始随机行走,记录走过的每一个基因,形成由基因序列构成的基因文本; 4采用词嵌入算法,将基因文本转换成基因的词向量; 5将细胞表达的基因矢量以表达量为权重加和,形成的和矢量作为该细胞在基因空间中的词向量表示; 6将所有的细胞的矢量表示进行可视化处理,得到胚胎细胞发育伪时间轨迹结果,步骤1中对单细胞转录组数据进行归一化处理: 其中,为标准化后的转录谱,为转录谱中第c个细胞的第g个基因的表达量,步骤1中,对经过标准化处理的单细胞转录组数据,利用计算每个细胞所表达的每个基因的显式比较优势,并将单细胞转录组测序矩阵转化为基因显式比较优势矩阵,其中为第c个细胞在第g个基因上的显式比较优势,步骤2中,通过,计算基因和基因之间的相似度,其中P代表条件概率,表示基因i和基因j之间的相似性。
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