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中国科学院天津工业生物技术研究所蔡敬一获国家专利权

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龙图腾网获悉中国科学院天津工业生物技术研究所申请的专利一种基于贪婪算法的菌株构建排程设计方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116524994B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-30发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310143252.9,技术领域涉及:G16B5/00;该发明授权一种基于贪婪算法的菌株构建排程设计方法是由蔡敬一;马红武设计研发完成,并于2023-02-20向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于贪婪算法的菌株构建排程设计方法在说明书摘要公布了:本发明涉及生物技术领域,具体涉及优化遗传操作排程,公开一种基于贪婪算法的多菌株构建排程设计方法。该方法使用整数规划对共享最大基因靶点数的目标菌株进行迭代式聚类,然后构建每个聚类子集中的共同祖先菌株,从共同祖先菌株出发构建各个目标菌株,形成菌株改造排程树,最终形成菌株改造的排程树。该方法显著降低了不同菌株间相同基因靶点的重复改造,从而降低了大规模菌株构建的工作量和成本。

本发明授权一种基于贪婪算法的菌株构建排程设计方法在权利要求书中公布了:1.一种基于贪婪算法的多菌株构建排程设计方法,包括如下步骤: 第一步:获取所有起始菌株的基因型:获取各个目标菌株的基因型,该基因型包括在起始菌株的基础上所做的所有基因改动; 第二步:使用整数规划对共享最大基因靶点数的目标菌株进行迭代式聚类,直到所有菌株都被分配到聚类子集中,该步将目标菌株分配到P个子集中,并确定每个子集对应的共同祖先菌株; 第三步:对第二步得到的各个共同祖先菌株进行构建排程,改造靶点的父子继承顺序依随基因靶点改造难度递减排列; 第四步:从各个共同祖先菌株出发,依基因靶点改造难度递减顺序,添加各个目标菌株和对应的祖先菌株的靶点改造差集中的各个靶点改造,得到各个子集中目标菌株的构建排程; 其中,第二步中所使用的迭代式聚类计算所使用的算法为: 最大化 其中,Is=1表示目标菌株s包含在subS{p}集合中,否则Is=0; Tg=1表示基因操作g包含在子集的共同祖先的基因操作中,否则Tg=0; Wg,s=1表示共同祖先菌株携带基因操作g的目的是构建菌株s,否则Wg,s=0;如果目标菌株s不包含在Sc集合中即Is=0,那么Wg,s=0,如果目标菌株s包含在Sc集合中即Is=1,Wg,s的值由基因操作g是否包含在子集的共同祖先的基因操作中决定: 如果操纵基因g不包含在目标菌株s中,则共同祖先不能携带操纵g: 通过识别共同祖先是否包含构建目标菌株s的基因操作来判断这个菌株是否在Sc集合中, 子集中包含的总菌株必须大于2,至少两个目标菌株才具有共同的祖先: 在上述条件的约束下,将优化目标设置为最大化共享的基因靶点改造数目,得到这个目标下的菌株集合Sc。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中国科学院天津工业生物技术研究所,其通讯地址为:300308 天津市滨海新区空港经济区西七道32号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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