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龙图腾网获悉上海朴岱生物科技合伙企业(有限合伙)申请的专利一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法及系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN114333999B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-06发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202111462256.0，技术领域涉及：G16B25/10；该发明授权一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法及系统是由戴文韬;刘继翔;李园园;顾婷婷设计研发完成，并于2021-12-02向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法及系统在说明书摘要公布了：本发明公开了一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法。本发明公开的肿瘤新生抗原检测方法，能够快速高效地检测出表达量高并且能够与HLA高亲和力且稳定结合的肿瘤新生抗原。本发明还公开了一种预测TCR‑pMHC蛋白质三维结构的方法，从蛋白质结构的层面评估TCR、肿瘤新生抗原和MHC三者的亲和力和稳定性，并将TCR与pMHC的亲和力及稳定性预测筛选、抗原肽表达翻译和疏水及突变模式等综合纳入到肿瘤新生抗原的检测分析流程中。本发明还提出了进一步使用质谱方法验证筛选出的新生抗原在癌症病人中是否真实存在，评估抗原肽在人体中的结构稳定性。本发明还提出了预测肿瘤微环境的免疫细胞类型及比例的方法及系统。

本发明授权一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法及系统在权利要求书中公布了：1.一种分子组学与计算结构联用的肿瘤新生抗原检测筛选方法，其特征在于，所述方法基于全基因组和或全外显子和或转录组测序数据，包括以下步骤： 步骤1：HLA分子分型步骤：基于全基因组和或全外显子数据进行，预测HLA分子类型； 步骤2：肿瘤体细胞基因变异注释； 步骤3：基因变异肽段翻译，得到变异抗原肽； 步骤4：所述抗原肽与HLA分子的亲和力预测； 步骤5：基于转录组测序数据进行抗原肽基因表达量检测； 步骤6：基于所述步骤4的亲和力预测结果以及所述步骤5的抗原肽基因表达量检测结果，并纳入抗原肽疏水性评估和氨基酸突变位点范式，综合定量抗原肽筛选； 所述步骤6中，进行综合定量抗原肽筛选时，使用抗原肽的亲和力阈值和表达量阈值作为筛选依据；在筛选步骤中，同时纳入抗原肽疏水性评估和氨基酸突变位点范式，在抗原肽亲和力和表达值评分相近的情况下，依据抗原肽疏水性评估和氨基酸突变位点范式进行筛选； 抗原肽筛选中，使用抗原肽的亲和力阈值和表达量阈值作为筛选依据，进一步筛选具有较高表达量且亲和力高的抗原肽；并在抗原肽亲和力和表达量评分相近的情况下，进一步筛选到其中疏水性整体较弱和或突变位点符合固定范式的抗原肽，其中疏水性通过评分或疏水残基比例进行评估；所述突变位点范式重点考虑2号位和3号位氨基酸； 步骤7：通过步骤6的抗原肽筛选结果，进行抗原肽结构稳定性预测筛选； 所述步骤7中，进行抗原肽结构稳定性预测筛选时，在步骤1～6筛选后保留的抗原肽中，根据抗原肽长度和氨基酸分布规律进行稳定性估算；同时，使用抗原肽结构稳定性预测软件预测抗原肽的蛋白结构稳定性，确保在细胞内不被降解并进一步被MHC与TCR结合；采用软件NetMHCstab预测筛选抗原肽的结构稳定性，所述筛选包括：保留稳定性强的抗原肽； 在筛选后剩余抗原肽中，针对HLA-A、HLA-B、HLA-C分子结合的抗原肽，综合评分相近情况下，保留9肽和或10肽；针对HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR分子结合的抗原肽，综合评分相近情况下，保留15肽和或16肽；进而，同等条件下保留MMet、WTrp、CCys、GGly、TThr这五种氨基酸相对含量较低的抗原肽。

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