中科合肥智慧农业协同创新研究院王雪获国家专利权
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龙图腾网获悉中科合肥智慧农业协同创新研究院申请的专利一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115064216B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210649942.7,技术领域涉及:G16B30/20;该发明授权一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法是由王雪;赵小漫;金洲;胡宜敏;史杨;许桃胜;王儒敬设计研发完成,并于2022-06-09向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法,通过根据氨基酸其侧链的偶极性和体积,对所述氨基酸序列进行分类;构建序列矩阵以及位置矩阵;序列矩阵中每个元素用于指示蛋白质序列中所有氨基酸两两组合的频数;位置矩阵用于指示任意两组氨基酸在蛋白质序列中的位置信息;同时选择序列矩阵对角线以及对角线上面的值一起编码氨基酸序列数据,并增加一维序列长度的倒数作为序列矩阵编码的分量得以区分氨基酸序列长度,实现将氨基酸序列数据编码成特征向量。通过将蛋白质序列数据的位置信息和序列信息相结合对蛋白质序列进行编码,能够充分获取蛋白质特征信息,提高了蛋白质相互作用识别的准确率,增强了蛋白质相互作用预测算法的鲁棒性。
本发明授权一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法在权利要求书中公布了:1.一种基于位置序列矩阵的蛋白质编码方法,其特征在于,所述方法包括: S1,根据氨基酸其侧链的偶极性和体积,对所述氨基酸序列进行分类; S2,构建序列矩阵以及位置矩阵;其中,序列矩阵中每个元素用于指示蛋白质序列中所有氨基酸两两组合的频数;位置矩阵用于指示任意两组氨基酸在蛋白质序列中的位置信息; S3,同时选择序列矩阵对角线以及对角线上面的值一起编码氨基酸序列数据,并增加一维序列长度的倒数作为序列矩阵编码的分量得以区分氨基酸序列长度,实现将氨基酸序列数据编码成特征向量; 所述构建序列矩阵以及位置矩阵,其中,构建序列矩阵MOS包括: 设定非空有限集:Ω={w1,…,wN},其中N是序列的分类数; 给定序列:S=S1,S2,…,SL,其中L表示序列S的长度,Si∈Ω,1≤i≤L;序列S的序列矩阵表示为: MOS=[mij]N×N1 上式中mij: 基于序列矩阵的定义,得到序列矩阵中所有元素的和等于当i≠j, 从而,对于任意两个序列,当序列长度不同或序列长度相同但所含至少某一元素个数不相同时,其对应的序列矩阵不同; 其中,构建位置矩阵包括: 设定非空有限集:Ω={w1,…,wN},其中N是序列的分类数; 给定序列:S=S1,S2,…,SL,其中L表示序列S的长度,Si∈Ω,1≤i≤L;序列S的位置矩阵表示为: MOP=[xij]N*N3 上式中xij: 所述位置矩阵是对称矩阵,对角线上的元素和对角线上方元素包含了氨基酸序列中所有元素的位置信息; 将氨基酸序列数据编码成如下的向量: MSP=[MOS11,...,MOS1N,...MOSNN,1L]+[MOP11,...,MOP1N,...MOPNN,1L]。
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