中山大学中山眼科中心李旭日获国家专利权
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龙图腾网获悉中山大学中山眼科中心申请的专利一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116030878B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-13发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202111238534.4,技术领域涉及:G16B5/00;该发明授权一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法是由李旭日;张嘉宁设计研发完成,并于2021-10-25向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法,包括步骤如下:S1提取多表型单细胞组学数据,进行数据清洗,对清洗后的数据进行数据整合;S2基于生物学知识库,对S1处理后的数据进行分析,构建先验的分子间互作关系网络;S3基于多因子非负矩阵分解算法,根据S1处理后的数据和S2先验的分子间互作关系网络建立多维分子协同互作关系模块;S4计算多维分子协同互作关系模块与表型相关的互作关系模块;S5对多维分子协同互作关系模块与表型相关的互作关系进行可视化导出。本发明借助单细胞测序技术和先验生物学知识,提取高维单细胞组学数据内多维分子协同调控关系,获得与表型变化密切相关的转录因子‑基因功能协同调控互作机制。
本发明授权一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法在权利要求书中公布了:1.一种基于单细胞转录组数据的转录因子调控网络建模方法,其特征在于,包括步骤如下: S1.提取多表型单细胞组学数据,进行数据清洗,对清洗后的数据进行数据整合; S2.基于公共生物学知识库,对S1处理后的数据进行分析,构建先验的分子间互作关系网络; S3.基于多因子非负矩阵分解算法,根据S1处理后的数据和S2先验的分子间互作关系网络建立多维分子协同互作关系模块; S4.计算多维分子协同互作关系模块中与表型相关的互作关系模块; S5.对多维分子协同互作关系模块与表型相关的互作关系模块进行可视化导出; 所述S1中数据清洗包括: S101设定过滤条件;所述过滤条件至少包括多表型单细胞组学数据中低丰富度的细胞、被细胞碎片污染的细胞、凋亡或裂解的细胞、多聚体中的一种; S102根据过滤条件对多表型单细胞组学数据进行过滤,获得过滤后的数据; S103对过滤后的数据进行特征识别,将识别后的数据进行数据整合;所述特征识别至少包括细胞分群、细胞特征基因识别; 所述S2中分子间互作关系网络包括转录因子与在单细胞数据中表达的靶基因之间的调控关系网络、在单细胞数据中表达的基因与基因之间的功能关联网络; 所述基因与基因之间的功能关联网络构建中关联基因至少参与包括调控同一生物学过程、参与同一基因通路、对同一表型有响应中的一种; 所述基因与基因之间的功能关联网络中功能关联形式包括但不限于共表观遗传修饰的基因关联网络、基因编码蛋白的配受体互作关系网络、基因编码蛋白的蛋白质相互作用网络中的一种或多种; 所述S4中计算多维分子协同互作关系模块与表型相关的互作关系模块具体为:采用差异显著性统计检验方法,检测多因子非负矩阵因式分解后获得低维空间上反映多维分子协同互作关系的变量与表型变化之间的相关性,获得与表型显著相关的多维分子协同互作关系模块; 所述差异显著性统计检验方法包括但不限于学生t检验、Mann‑Whitney U检验、方差分析中的一种。
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