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龙图腾网获悉中国石油大学(华东)申请的专利基于几何感知注意模型的高效分子对接方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120526841B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-13发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510635645.0，技术领域涉及：G16B15/30；该发明授权基于几何感知注意模型的高效分子对接方法是由王珣;宋弢;栗建新设计研发完成，并于2025-05-16向国家知识产权局提交的专利申请。

本基于几何感知注意模型的高效分子对接方法在说明书摘要公布了：本发明属于分子对接技术领域，特别涉及基于几何感知注意模型的高效分子对接方法。动态内存归约策略利用迭代求值和分块技术实现注意力矩阵的高效并行计算，并借助共享内存完成中间结果在不同线程束之间的通信；分层融合策略为三角形注意力设计两个高性能融合内核，使得每个线程块生成的数据全部保存在寄存器和共享内存中；张量平铺数据移动通过跨维度的数据搬运方式来重新组织线程与数据的映射关系，实现全局合并访存模式；多头并行注意力合并利用多头注意力合并策略优化QKV数据布局，减少中间结果额外的数据转置和拼接操作。本发明解决了现有的三角形注意力算子推理时的内存爆炸问题、三角形更新算子中的不规则访存问题以及冗余访存问题。

本发明授权基于几何感知注意模型的高效分子对接方法在权利要求书中公布了：1.基于几何感知注意模型的高效分子对接方法，其特征在于，包括以下几个部分： S1、动态内存归约策略：利用迭代求值和分块技术实现注意力矩阵的高效并行计算，并借助共享内存完成中间结果在不同线程束之间的通信； S2、分层融合策略：为三角形注意力设计两个高性能融合内核，分别是融合转置内核和融合三角形注意力内核，使得每个线程块生成的数据全部保存在寄存器和共享内存中； 步骤S2中，分层融合策略的具体内容如下： S21、通过调整三角形注意力中各算子操作符执行顺序，将Q和K的转置操作放到批量矩阵乘法操作前，将两个偏置项通过相加合并成一个偏置项，两个掩码项同样通过相加合并成一个掩码项，从而实现多个计算操作符合并，其中，计算操作符合并指的是张量转置、矩阵乘加、偏置掩码项添加； S22、融合转置内核将线程块沿隐层维度D对多个Q或K进行拼接,每个线程负责将两个Q或K中处于相同头部位置的数据搬运到全局内存，使得原来处于非连续存储位置的两块数据区重新存储到了一块内存连续的区域，拼接后的隐层维度由D扩大到2D，并直接用于多头注意力计算；其中，Q代表当前需要关注其他问题的“提问”，K代表其他位置的“关键词”，用于与Q计算相似度； S23、融合三角形注意力内核将矩阵乘法、偏置项添加、掩码项添加、Softmax归一化操作符全部融合到一个内核中，每个线程块生成的中间结果全部保存在寄存器和共享内存中； S3、张量平铺数据移动：针对三角形更新算子，通过跨维度的数据搬运方式来重新组织线程与数据的映射关系，实现全局合并访存模式； 步骤S3中，张量平铺数据移动的具体内容如下： S31、判断张量物理内存中数据连续存储的维度，根据不同维度加载张量片数据，每个线程块沿着D维度和N2维度加载大小为[tilex,tiley]的张量片； S32、借助共享内存缓冲区实现张量片转置操作，每个线程负责将四个在内存上连续的FP16类型的数据按行写入共享内存，整个线程块将大小为[64,64]的张量片写入共享内存，随后每个线程按列访问共享内存中的四个FP16数据，并按行连续的写入全局内存，从而实现张量片转置操作； S33、每个线程块从共享内存加载转置后的数据，并沿着N2和D的维度进行存储，以保证写回全局内存时也遵循合并访问模式； S4、多头并行注意力合并：利用多头注意力合并策略优化QKV数据布局，减少中间结果额外的数据转置和拼接操作,其中，V代表每个位置实际携带的“信息”，注意力权重最终加权到V上，生成最终的注意力输出。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术，可联系本专利的申请人或专利权人中国石油大学(华东)，其通讯地址为：266400 山东省青岛市黄岛区长江西路66号；或者联系龙图腾网官方客服，联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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