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龙图腾网获悉上海智峪生物科技有限公司申请的专利一种蛋白质-配体相互作用预测方法及优化方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN117275610B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-17发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202311459177.3，技术领域涉及：G16C20/50；该发明授权一种蛋白质-配体相互作用预测方法及优化方法是由王泽琛;郑良振;王晟设计研发完成，并于2023-11-03向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种蛋白质-配体相互作用预测方法及优化方法在说明书摘要公布了：本发明属于计算机辅助药物设计技术领域，公开了一种蛋白质‑配体相互作用预测方法及优化方法。本方法包括：构建数据集，制作标签数据；建立蛋白质‑配体复合物模型，将蛋白质‑配体编码成蛋白质结合口袋图和蛋白质‑配体原子交互图，蛋白质‑配体原子交互图即异构图；异构图包括两类节点和四种边；构建基于边的图注意力网络打分模型，包括特征提取模块和两个解码器；训练打分模型；用训练好的打分模型预测配体结合姿态均方根偏差RMSD和蛋白质‑配体结合强度pkd。本发明的打分模型能同时预测配体结合姿态均方根偏差RMSD和结合强度pkd，并且能在打分、排序、对接和筛选任务中同时具备优异的性能，提高了模型的普适性和迁移性。

本发明授权一种蛋白质-配体相互作用预测方法及优化方法在权利要求书中公布了：1.一种蛋白质‑配体相互作用预测方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤： 步骤S1：构建数据集，制作标签数据； 步骤S2：建立蛋白质‑配体复合物模型； 将蛋白质‑配体编码成两个图，分别是蛋白质结合口袋图和蛋白质‑配体原子交互图； 所述蛋白质‑配体原子交互图为蛋白质‑配体相互作用的异构图GRR,LL,RL；所述异构图GRR,LL,RL中共有两类节点和四种边； 两类节点分别是：蛋白质原子节点和配体原子节点四种边分别是：蛋白质节点‑蛋白质节点配体节点‑配体节点蛋白质节点‑配体节点配体节点‑蛋白质节点步骤S3：构建基于边的图注意力网络打分模型； 所述打分模型包括：特征提取模块、RMSD解码器和pkd解码器； 所述特征提取模块包括两个独立的基于边的图注意力层，用于将蛋白质结合口袋图和蛋白质‑配体原子交互图中的特征编码成蛋白质‑配体相互作用的潜在空间； 所述RMSD解码器和所述pkd解码器用于对潜在空间进行解码，分别得到预测的配体结合姿态均方根偏差RMSD和蛋白质‑配体结合强度pkd； 步骤S4：训练打分模型； 将步骤S2中编码的两个图输入到步骤S3中构建的打分模型中，经过特征提取，蛋白质‑配体相互作用潜在空间的编码、解码，反向传播和参数更新，得到训练好的打分模型； 步骤S5：运用训练好的打分模型，对待测试蛋白质‑配体的相互作用进行预测，得到预测的配体结合姿态均方根偏差RMSD和蛋白质‑配体结合强度pkd。

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