天津大学曲冠锦获国家专利权
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龙图腾网获悉天津大学申请的专利核酸序列聚类方法、装置、计算机可读存储介质、终端获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115497567B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-27发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210359541.8,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权核酸序列聚类方法、装置、计算机可读存储介质、终端是由曲冠锦;吴华明设计研发完成,并于2022-04-07向国家知识产权局提交的专利申请。
本核酸序列聚类方法、装置、计算机可读存储介质、终端在说明书摘要公布了:本发明公开了一种核酸序列聚类方法、装置、计算机可读存储介质、终端通过构建了多个分支的树结构来对核酸序列的指定区间进行检索,进而避免了传统计算编辑距离所消耗的大量时间。此外,本申请采用节点漂移算法以对抗核酸序列发生错误所带来的干扰。与目前已有的核酸聚类算法相比,本申请提供的方法可以对未识别的大量核酸序列进行聚类的同时,还具备对聚类后的核酸序列进行自动纠错与比对的功能,可以直接输出纠错后的核酸原始序列,从而大大减少测序读取后的处理时间。
本发明授权核酸序列聚类方法、装置、计算机可读存储介质、终端在权利要求书中公布了:1.一种核酸序列聚类方法,其特征在于,包括如下步骤: 步骤a:初始化参数; 步骤c:判断待测序列是否为空,若是跳到步骤d;若否跳到步骤f; 步骤d:输出簇情况以及核心序列集; 步骤e:结束; 步骤f:取出一条待测序列与树结构进行检索; 步骤g:判断是否能检索到相似核心序列,若是跳到步骤h;若否跳到步骤j; 步骤h:将该条待测序列与相似核心序列划为同簇; 步骤i:进行全局比对并纠正核心序列错误; 步骤j:将该待测序列加入核心序列集以及树结构,跳到步骤c; 步骤f-j具体包括: 步骤1:取出一条待测序列与树结构进行检索,判断是否能检索到相似核心序列; 步骤1.a:首先,比较首段区间与首段树结构是否能够匹配,若能匹配到则停止后续树结构的检索,将该条待测序列与相似核心序列划为同簇; 步骤1.b:若首段区间无法匹配到,则再进行末端区间与末端树结构的匹配,若末端区间成功匹配,则停止后续树结构的检索,将该条待测序列与相似核心序列划为同簇; 步骤1.c:若末端也无法成功匹配,则进行中间区间的匹配在选取中间区间时,将会在原指定区间基础上,允许横向漂移纵向漂移数个碱基位置,进而允许选择多个区间,碱基区间检索树结构后,将选择最小横向漂移值的区间与匹配序列,若此时横向漂移值小于阈值则匹配成功,将该条待测序列与相似核心序列划为同簇; 步骤2:若开启了全局比对功能,则此时将该序列与所匹配到的序列进行比对,比对后将会标记序列中不同的碱基位,若核心序列集中某条序列的某个碱基位被频繁标记则将会被视为错误碱基位进而进行纠正; 步骤3:若仍无法匹配,则将该条测序序列视为一个新的簇,将其加入到核心序列集中,并将其指定区间加入到树结构中。
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