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厦门大学方韩获国家专利权

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龙图腾网获悉厦门大学申请的专利一种基于RNA测序的癌症溯源方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115798594B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211567334.8,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于RNA测序的癌症溯源方法是由方韩;俞容山设计研发完成,并于2022-12-07向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于RNA测序的癌症溯源方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于RNA测序的癌症溯源方法,包括以下步骤:S1、获取癌症数据中的TCGAFRESH数据、TCGAFFPE数据和TCGAMETASTATIC数据,并对癌症数据进行预处理;S2、基于transformer模型搭建癌症溯源网络模型;S3、采用预处理后的TCGAFRESH数据,对癌症溯源网络模型进行训练,得到训练后的癌症溯源网络模型;S4、将预处理后的TCGAFFPE数据和TCGAMETASTATIC数据作为测试数据,将两个测试数据集分别送入训练后的癌症溯源网络模型中,对癌症进行分类溯源;本发明将transformer模型应用到了两万维RNA测序数据上,且可以使用所有的基因作为输入,不会存在基因筛选导致的丢失原始基因信息的问题,可有效提高癌症溯源分类的精确度。

本发明授权一种基于RNA测序的癌症溯源方法在权利要求书中公布了:1.一种基于RNA测序的癌症溯源方法,其特征在于,包括以下步骤: S1、获取癌症数据中的TCGAFRESH数据、TCGAFFPE数据和TCGAMETASTATIC数据,并对癌症数据进行预处理; S2、基于transformer模型搭建癌症溯源网络模型; 步骤S2的具体过程为: S21、使用一维卷积对RNA测序数据进行处理,将原始RNA数据x转换为适合transformer模型处理的数据xe,其中,x∈R1xW,xe∈RNxP,W为基因个数,P为每个嵌入表示的维数,为256维,N=WP,每个卷积得到的结果为嵌入表示; S22、将可学习的类别嵌入表示与卷积得到的嵌入表示进行拼接; S23、将拼接后的嵌入表示与对应的位置嵌入表示进行相加,保留位置信息,得到输入数据; S24、将输入数据输入到编辑器TransformerEncoder中,编辑器TransformerEncoder由多头自注意力模块和MLP模块组成,并在这两个模块前应用Layernorm操作,且每个模块都用残差连接,编辑器TransformerEncoder的层数一共为4层, S25、得到可学习的类别嵌入表示在编辑器TransformerEncoder对应的输出表示,将得到的结果输入到两层全连接网络中,获得32维输出,每维为各个癌症类别的概率,利用真实标签与transformer模型输出的概率计算交叉熵损失函数并优化transformer模型,得到癌症溯源网络模型;所述损失函数为: 其中,K为类别数,y为真实标签,如果类别为i,则为1,否则为0,表示网络输出的癌症的概率,表示网络输出的第i个类癌症的概率; S3、采用预处理后的TCGAFRESH数据,对癌症溯源网络模型进行训练,得到训练后的癌症溯源网络模型; S4、将预处理后的TCGAFFPE数据和TCGAMETASTATIC数据作为测试数据,将两个测试数据集分别送入训练后的癌症溯源网络模型中,对癌症进行分类溯源。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人厦门大学,其通讯地址为:361000 福建省厦门市思明南路422号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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