重庆邮电大学张文英获国家专利权
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龙图腾网获悉重庆邮电大学申请的专利一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN116312821B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-17发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202310030292.2，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法是由张文英;辛奇;袁帅;徐涛;李阔;谭清龙设计研发完成，并于2023-01-10向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，属于生物物理学领域。具体步骤如下：1基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；2用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布；3用量子化学计算方法验证上述电荷分布；4根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals，impropers项；5合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR；该方法具有准确性高、可靠性强、操作简单等优点，且该发明方法解决了普通分子力场如Charmm、Amber等中不能处理去质子化视黄醛的问题。
本发明授权一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法在权利要求书中公布了：1.一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，其特征在于，包括以下步骤： 步骤一、基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项； 步骤二、CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布； 步骤三、用量子化学计算方法验证步骤二的电荷分布，利用Gaussain软件计算去质子化发色团LYR删除氢原子附近的电荷分布，同步骤二的方法相比，若有误差，以Gaussian软件计算的为准； 步骤四、根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals和impropers项； 步骤五、合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR。
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