中南大学彭小清获国家专利权
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龙图腾网获悉中南大学申请的专利基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116129995B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-20发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211500204.2,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法及系统是由彭小清;张文锦;李吉;揭文龙;崔万新设计研发完成,并于2022-11-28向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法,包括将基因组分割为若干互不交叠的基因组区块;设定阈值并评估所有预测集合在阈值下的可靠性,构建可靠性权重矩阵;计算得到每个基因组区块的权重;对所有基因组区块进行聚类得到最终的集成后的差异甲基化区域集合。本发明还公开了一种实现所述基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法的系统。本发明基于方法覆盖度和甲基化差异对差异甲基化区域区分能力的影响计算基因组区块的权重,提高了集成集合的可靠性,而且通过对不同方法预测的差异甲基化区域集合进行合理集成,能够提供更可靠、全面、显著的差异甲基化区域集合;而且本发明的可靠性高、准确性好且客观科学。
本发明授权基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于聚类的多个差异甲基化区域预测集合集成方法,包括如下步骤: S1.基于甲基化芯片上探针的基因组位置,将基因组分割为若干个互不交叠的基因组区块; S2.设定不同的甲基化差异阈值,并评估所有的预测集合在设定的甲基化差异阈值下的可靠性,从而构建可靠性权重矩阵;具体包括如下步骤: 将甲基化差异阈值划分为10个区间,分别统计每个甲基化差异预测集合中甲基化水平 差异落在各个区间的甲基化差异区域所包含的探针总数目和甲基化水平差异落在各个 区间的甲基化差异区域的总长度; 采用如下算式计算每个甲基化差异区域在实验组和对照组的甲基化芯片数据上的 甲基化水平差异: 式中为甲基化差异区域在实验组和对照组的甲基化芯片数据上的甲基化 水平差异值;为甲基化差异区域所包括的探针个数;为探针在实验组和对照组 的平均甲基化水平差值且,为探针在样本j中的甲 基化水平,为探针在样本k中的甲基化水平,为数据集中A组实验样本的个数, 为数据集中B组对照样本的个数; 对每个方法在同一甲基化芯片数据集上预测的甲基化差异区域集合,采用如下算式计算不同阈值下的得分: 式中为第m个方法所预测的甲基化差异集合的得分;为甲基化水平 差异区间的总数;为第i个甲基化水平差异区间的左端点坐标;为第i个甲基化水平 差异区间的权重且,为第i个甲基化水平差异区间的右端点坐 标;为阈值;为甲基化水平差异落在各个区间的甲基化差异区域所包含的探针总数目;为甲基化水平差异落在各个区间的甲基化差异区域的总长度; 根据得到的得分,评估不同的预测集合在不同甲基化差异阈值下的可靠性,构建可靠 性权重矩阵;设定存在M个方法预测的甲基化差异区域集合,对于每一个方法m,给定的甲基 化差异的阈值t,则计算得到对应的可靠性为; S3.根据步骤S2得到的可靠性权重矩阵、实验组的甲基化水平差值和对照组的甲基化水平差值,计算得到每个基因组区块的权重; S4.根据步骤S3得到的每个基因组区块的权重值,采用密度峰算法对所有基因组区块进行聚类,得到最终的集成后的差异甲基化区域集合。
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